Examinando por Autor "Sotelo, Carolina"

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    Application of Comprehensive Genomic Profiling-Based Next-Generation Sequencing Assay to Improve Cancer Care in a Developing Country
    (SAGE, 2023) Cifuentes, Claudia; Lombana, Milton; Vargas, Henry; Laguado, Paola; Ruiz Patiño, Alejandro; Rojas, Leonardo; Navarro, Uriel; Vargas, Carlos; Ricaurte, Luisa; Arrieta, Oscar; Zatarain Barron, Lucia; Zapata, Leandro; González, Guido; Ortiz, Carlos; Bernal, Laura; Restrepo, Juan G.; Viola, Lucia; Grosso, Fabio; Zapata, Ricardo; Mantilla, William; Carranza, Hernán; Bustillo, Iván; Llinas, Néstor; Duarte, Ricardo; Rodríguez, July; Archila, Pilar; Ávila, Jenny; Bermúdez, Maritza; Gámez, Tatiana; Sotelo, Carolina; Otero, Jorge; Forero, Elkin; Lema, Mauricio; Limpias, Catalina; Ordóñez Reyes, Camila; Mejía, Sergio; Rolfo, Christian; Rosell, Rafael; Cardona, Andrés F.; Ordóñez Reyes, Camila [0000-0002-8941-9064]
    Propósito: La identificación de mutaciones oncogénicas procesables ha cambiado el panorama terapéutico en diferentes tipos de tumores. Este estudio investigó la utilidad del perfil genómico integral (CGP), un ensayo híbrido de secuenciación de próxima generación (NGS) basado en la captura, en la práctica clínica en un país en desarrollo. Métodos: En este estudio de cohortes retrospectivo, se realizó CGP en muestras clínicas de pacientes con diferentes tumores sólidos reclutados entre diciembre de 2016 y noviembre de 2020, utilizando perfiles genómicos basados en captura híbrida, a petición de los médicos tratantes individuales en la atención clínica para las decisiones terapéuticas. Se estimaron curvas de supervivencia de Kaplan-Meier para caracterizar las variables de tiempo hasta el evento. Resultados: La mediana de edad de los pacientes fue de 61 años (rango: 14-87 años), y el 64,7% eran mujeres. El diagnóstico histológico más frecuente fue el de tumor primario de pulmón, con 90 pacientes correspondientes al 52,9% de las muestras (IC 95%: 45,4-60,4%). Se identificaron mutaciones procesables con medicamentos aprobados por la FDA para alteraciones específicas correspondientes a la histología tumoral en 58 casos (46,4%), mientras que se detectaron otras alteraciones en 47 muestras diferentes (37,6%). La mediana de supervivencia global fue de 15,5 meses (IC 95%: 11,7 meses-NR). Los pacientes sometidos a evaluación genómica en el momento del diagnóstico alcanzaron una mediana de supervivencia global de 18,3 meses (IC 95% 14,9 meses-NR) en comparación con 14,1 meses (IC 95% 11,1 meses-NR) en los pacientes que obtuvieron la evaluación genómica tras la progresión tumoral y durante el tratamiento estándar (P =,7). Conclusiones: CGP de diferentes tipos de tumores identifica alteraciones genómicas clínicamente relevantes que se han beneficiado de la terapia dirigida y mejorar la atención del cáncer en un país en desarrollo para guiar el tratamiento personalizado a los resultados beneficiosos de los pacientes con cáncer.
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    Case report: differential genomics and evolution of a meningeal melanoma treated with ipilimumab and nivolumab
    (Frontiers Media S.A., 2022-01-05) Burgos, Remberto; Santoyo, Nicolas; Ruíz-Patiño, Alejandro; Cure-Casilimas, Juanita; Rojas, Leonardo; Ricaurte, Luisa María; Muñoz, Álvaro; Ordoñez, Camila; Sotelo, Carolina; Rodríguez, July; Cardona, Andrés Felipe [https://orcid.org/0000-0003-3525-4126]; Garcia-Robledo, Juan Esteban [https://orcid.org/0000-0003-2912-152X]
    Primary melanocytic tumors of the CNS are extremely rare conditions, encompassing different disease processes including meningeal melanoma and meningeal melanocytosis. Its incidence range between 3-5%, with approximately 0.005 cases per 100,000 people. Tumor biological behavior is commonly aggressive, with poor prognosis and very low survivability, and a high recurrence rate, even after disease remission with multimodal treatments. Specific genetic alterations involving gene transcription, alternative splicing, RNA translation, and cell proliferation are usually seen, affecting genes like BRAF, TERT, GNAQ, SF3B1, and EIF1AX. Here we present an interesting case of a 59-year-old male presenting with neurologic symptoms and a further confirmed diagnosis of primary meningeal melanoma. Multiple therapy lines were used, including radiosurgery, immunotherapy, and chemotherapy. The patient developed two relapses and an evolving genetic makeup that confirmed the disease’s clonal origin. We also provide a review of the literature on the genetic basis of primary melanocytic tumors of the CNS.
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    Characteristics and outcomes of thymomas in Latin America: results from over 10 years of experience (CLICaP-LATimus)
    (China Lung Oncology Group, 2021) Martín, Claudio; Enrico, Diego; Mas, Luis; Patane, Ana Karina; Arrieta, Oscar; Soria, Tannia; Cardona, Andrés F.; Alejandro, Ruiz Patiño; Ruiz, Rossana; Rioja, Patricia; Lozano, Sophia; Zatarain Barrón, Zyanya Lucia; Barrón, Feliciano; Puparelli, Carmen; Tsou, Florencia; Corassa, Marcelo P.; Freitas, Helano C.; Cordeiro de Lima, Vladmir Cláudio; Rojas, Leonardo; Ordóñez Reyes, Camila; Corrales, Luis Alejandro; Sotelo, Carolina; Rodríguez, July; Ricaurte, Luisa; Avila, Jenny; Archila, Pilar; Rosell, Rafael; Cuello, Mauricio; Remon, Jordi; CLICaP; Martín, Claudio [0000-0003-4135-7332]; Mas, Luis [0000-0002-2323-9271]; Cardona, Andrés F. [0000-0003-3525-4126]; Alejandro, Ruiz Patiño [0000-0003-1274-9273]; Rioja, Patricia [0000-0003-3141-7418]
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    Efficacy of osimertinib plus bevacizumab in glioblastoma patients with simultaneous EGFR amplification and EGFRvIII mutation
    (Springer, 2021) Cifuentes, Hernando; Jaramillo Velásquez, Daniel; Jaramillo Velásquez, Daniel; Ruiz Patiño, Alejandro; Jiménez, Enrique; Hakim, Fernando; Gómez, Diego; Ramón, Juan Fernando; Cifuentes, Hernando; Mejía, Juan Armando; Salguero, Fernando; Ordoñez, Camila; Muñoz, Álvaro; Bermúdez, Sonia; Useche, Nicolas; Pineda, Diego; Ricaurte, Luisa; Zatarain Barrón, Zyanya Lucia; Rodríguez, July; Avila, Jenny; Rojas, Leonardo; Jaller, Elvira; Sotelo, Carolina; Garcia Robledo, Juan Esteban; Santoyo, Nicolas; Rolfo, Christian; Rosell, Rafael; Arrieta, Oscar; Polo Torres, Carolina; Cardona, Andrés Felipe; Cardona, Andrés Felipe [0000-0003-3525-4126]; Polo Torres, Carolina [0000-0002-1237-4523]
    Antecedentes La amplificación del EGFR y su mutante activo EGFRvIII son comunes en el glioblastoma (GB). Aunque el EGFR y el EGFRvIII desempeñan un papel crítico en la patogénesis, la terapia dirigida con inhibidores de la EGFR-tirosina quinasa o anticuerpos ha mostrado una eficacia limitada. Para mejorar la probabilidad de eficacia, nos dirigimos a pacientes adultos con GB recurrente enriquecido por amplificación simultánea de EGFR y mutación de EGFRvIII, con osimertinib/bevacizumab a las dosis descritas para el cáncer de pulmón no microcítico. Métodos Exploramos retrospectivamente si la mutación EGFRvIII descrita previamente en asociación con la amplificación del gen EGFR podía predecir la respuesta a la combinación osimertinib/bevacizumab en un subconjunto de 15 pacientes tratados en recidiva. Se describe el patrón de resistencia en un subgrupo de sujetos utilizando un panel comercial de secuenciación de nueva generación en biopsia líquida. Resultados Hubo diez varones (66,7%), y la mediana de edad de los pacientes fue de 56 años (rango 38-70 años). Tras el diagnóstico inicial, 12 pacientes fueron sometidos a resección parcial (26,7%) o total (53,3%). Posteriormente, todos los casos recibieron IMRT y temozolomida concurrente y adyuvante (TMZ; la mediana del número de ciclos fue 9, rango 6-12). La mediana de seguimiento tras la recidiva fue de 17,1 meses (IC 95%: 12,3-22,6). Todos los pacientes recibieron osimertinib/bevacizumab como intervención de segunda línea, con una mediana de supervivencia libre de progresión (SLP) de 5,1 meses (IC del 95%: 2,8-7,3) y de supervivencia global de 9,0 meses (IC del 95%: 3,9-14,0). La SLP6 fue del 46,7% y la tasa de respuesta global del 13,3%. Tras la exposición a la combinación osimertinib/bevacizumab, las principales alteraciones secundarias fueron la amplificación de MET, STAT3, IGF1R, PTEN y PDGFR. Conclusiones Aunque la combinación osimertinib/bevacizumab fue marginalmente eficaz en la mayoría de los pacientes de GB con amplificación simultánea de EGFR más mutación de EGFRvIII, un subgrupo experimentó un beneficio significativo y duradero. Los hallazgos de esta breve cohorte justifican la continuación de la investigación en un ensayo clínico. El patrón de resistencia tras la exposición a osimertinib/bevacizumab incluye mecanismos conocidos en la regulación del EGFR, hallazgos que contribuyen a la comprensión de esta vía y a su tratamiento racional por etapas.
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    EGFR inhibitors plus bevacizumab are superior than EGFR inhibitors alone as first-line setting in advanced NSCLC with EGFR mutations and BIM deletion polymorphisms (BIM-CLICaP)
    (American Society of Clinical Oncology, 2021) Corrales, Luis; Ordóñez-Reyes, Camila; Barron, Lucia Zatarain; Martín, Claudio Marcelo; Barrón-Barrón, Feliciano; Ruíz-Patiño, Alejandro; Recondo, Gonzalo; Rojas, Leonardo; Sotelo, Carolina; Rodríguez, July F.; Cardona, Andrés Felipe; Garcia-Robledo, Juan Esteban; Cardona, Andrés Felipe [0000-0003-3525-4126]; Garcia-Robledo, Juan Esteban [0000-0003-2912-152X]
    La activación de BIM es esencial para la apoptosis desencadenada por el inhibidor de la tirosina quinasa (TKI) del receptor del factor de crecimiento epidérmico (EGFR) en el cáncer de pulmón de células no pequeñas (CPCNP) con mutación de EGFR. Una deleción en el intrón dos del gen BIM da como resultado la generación de isoformas empalmadas alternativamente que alteran su respuesta apoptótica a los TKI, lo que confiere a las células de NSCLC una resistencia intrínseca a estos medicamentos. Los pacientes con ambas alteraciones tienen mala evolución clínica. El estudio actual tuvo como objetivo investigar la eficacia clínica y la tolerabilidad de EGFR-TKI más bevacizumab (Bev) versus EGFR-TKI solos como tratamiento de primera línea en pacientes con NSCLC avanzado con mutaciones de EGFR y deleciones BIM (BIMdel). MATERIALES Y MÉTODOS Se realizó un análisis retrospectivo. BIMdel se detectó mediante análisis de reacción en cadena de la polimerasa y secuenciación directa de ADN. La expresión de la proteína BIM se investigó mediante inmunohistoquímica y los niveles de ARNm de BIM mediante la reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa. Se compararon las características clínicas, la supervivencia general, la supervivencia libre de progresión (PFS), la tasa de respuesta general (ORR) y los eventos adversos relacionados con el tratamiento entre ambos grupos. RESULTADOS Se incluyeron 33 pacientes; 15 recibieron EGFR-TKI y 18 recibieron EGFR-TKI más Bev. La mediana de edad fue de 63 años, con una mayoría de pacientes mujeres reclutadas. Todos los individuos incluidos tenían una puntuación de rendimiento del Grupo Oncológico Cooperativo del Este de 2 o menos. La adición de Bev resultó en un ORR significativamente más alto (94,4 % versus 40 %, P > 0,001). La mediana de SLP fue más larga con el uso de la terapia combinada (11,12 frente a 7,87 meses; P = 0,001). La mediana de supervivencia general tendió a ser más prolongada en los inhibidores de la tirosina quinasa con EGFR más Bev (30,9 frente a 25,4 meses; P = 0,06), pero no alcanzó significación estadística. La respuesta en términos de PFS parcial y completa, así como en general, se vio afectada favorablemente. CONCLUSIÓN Los EGFR-TKI más Bev confirieron una ORR y una SLP significativamente más altas en pacientes con NSCLC avanzado con mutación de EGFR y BIMdel. Se necesitan más estudios prospectivos para validar estos hallazgos.
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    Genomic Landscape of Primary Resistance to Osimertinib Among Hispanic Patients with EGFR-Mutant Non-Small Cell Lung Cancer (NSCLC): Results of an Observational Longitudinal Cohort Study
    (Springer Nature, 2023) Chamorro, Diego F.; Cardona, Andrés F.; Rodríguez, July; Ruiz Patiño, Alejandro; Arrieta, Oscar; Moreno Pérez, Darwin A.; Rojas, Leonardo; Zatarain Barrón, Zyanya Lucia; Ardila, Dora V.; Viola, Lucia; Recondo, Gonzalo; Blaquier, Juan B.; Martín, Claudio; Raez, Luis; Samtani, Suraj; Ordóñez Reyes, Camila; Garcia Robledo, Juan Esteban; Corrales, Luis; Sotelo, Carolina; Ricaurte, Luisa; Cuello, Mauricio; Mejía, Sergio; Jaller, Elvira; Vargas, Carlos; Carranza, Hernán; Otero, Jorge; Archila, Pilar; Bermudez, Maritza; Gamez, Tatiana; Russo, Alessandro; Malapelle, Umberto; de Miguel Perez, Diego; de Lima, Vladmir C. Cordeiro; Helano, Freitas; Freitas, Helano; Saldahna, Erick; Rolfo, Christian; Rosell, Rafael
    Antecedentes: Las mutaciones del receptor del factor de crecimiento epidérmico (EGFRm) representan una de las alteraciones genómicas más comunes identificadas entre los pacientes con cáncer de pulmón no microcítico (CPNM). Se ha demostrado la seguridad y eficacia de varios fármacos dirigidos a pacientes con EGFRm, entre ellos el inhibidor de la tirosina cinasa (ITC) de tercera generación osimertinib. No obstante, algunos pacientes presentarán o desarrollarán mecanismos de resistencia al EGFR-TKI. Objetivo: Caracterizamos el panorama genómico de la resistencia primaria a osimertinib entre pacientes hispanos con CPNM EGFR-mutante. Métodos: Se realizó un estudio longitudinal observacional de cohortes con dos grupos de pacientes, aquellos con resistencia intrínseca (cohorte A) y aquellos con supervivencia a largo plazo (cohorte B). Todos los pacientes fueron tratados y seguidos entre enero de 2018 y mayo de 2022. A todos los pacientes se les evaluó la expresión del ligando de muerte celular programada 1 (PD-L1) y la expresión del ARNm de la proteína similar a Bcl-2 11 (BIM)/AXL antes de iniciar el TKI. Tras 8 semanas de tratamiento, se realizó una biopsia líquida para determinar la presencia de ADN libre circulante (cfADN), y se utilizó la secuenciación de nueva generación (NGS) para identificar mutaciones en el momento de la progresión. En ambas cohortes se evaluaron la tasa de respuesta global (TRG), la supervivencia sin progresión (SLP) y la supervivencia global (SG). Resultados: Encontramos una distribución homogénea de mutaciones sensibilizantes al EGFR en ambas cohortes. En la cohorte A, las mutaciones del exón 21 fueron más frecuentes que las deleciones del exón 19 (ex19dels) en la cohorte B (P = 0,0001). La RRO comunicada para osimertinib fue del 6,3% y del 100% para las cohortes A y B, respectivamente (P = 0,0001). La SLP fue significativamente mayor en la cohorte B (27,4 meses frente a 3,1 meses; P = 0,0001) y en los pacientes ex19del frente a L858R (24,5 meses, intervalo de confianza [IC] del 95%: 18,2-NR), frente a 7,6 meses, IC del 95%: 4,8-21,1; P = 0,001). La SG fue considerablemente inferior en la cohorte A (20,1 meses frente a 36,0 meses; P = 0,0001) y fue mejor en los pacientes con ex19del, sin metástasis cerebral y con baja carga de mutación tumoral. En el momento de la progresión, se encontraron más mutaciones en la cohorte A, identificándose con mayor frecuencia alteraciones fuera del objetivo, incluyendo TP53, RAS y RB1. Conclusiones: Las alteraciones independientes del EGFR son comunes entre los pacientes con resistencia primaria a osimertinib e impactan significativamente en la SLP y la SG. Nuestros resultados sugieren que entre los pacientes hispanos, otras variables asociadas con la resistencia intrínseca incluyen el número de conmutaciones, niveles altos de ARNm de AXL y niveles bajos de ARNm de BIM, T790M de novo, presencia de EGFR p.L858R y una carga mutacional tumoral elevada.
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    p.G12C KRAS mutation prevalence in non-small cell lung cancer: Contribution from interregional variability and population substructures among Hispanics
    (Neoplasia Press, Inc., 2022-01) Ruíz-Patiño, Alejandro; Rodríguez, July; Ávila, Jenny; Archila, Pilar; Carranza, Hernán; Vargas, Carlos Alberto; Otero, Jorge Miguel; Arrieta, Oscar; Zatarain-Barrón, Lucia; Sotelo, Carolina; Ordoñez, Camila; Cardona, Andrés Felipe [https://orcid.org/0000-0003-3525-4126]
    Antecedentes: El exón 2 de KRAS p. La mutación G12C en pacientes con adenocarcinoma de pulmón ha ido aumentando en relevancia debido al desarrollo y la eficacia de nuevos medicamentos de tratamiento. Estudios en diferentes poblaciones indican que la variabilidad regional entre etnias y ascendencias podría desempeñar un papel fundamental en el desarrollo de esta alteración molecular dentro del cáncer de pulmón. Results: Included were 979 patients with a national mean frequency for the KRAS exon 2 p.G12C mutation of 7.97% (95%CI 6.27-9.66%). Variation between regions was also identified with Antioquia reaching a positivity value of 12.7% (95%CI 9.1-16.3%) in contrast to other regions such as Bogota DC (Capital region) with 5.4% (2.7-8.2%) and Bolivar with 2.4% (95%CI 0-7.2%) (p-value = 0.00262). Furthermore, Short tandem repeat population substructures were found for eight markers that strongly yielded association with KRAS exon 2 p.G12C frequency reaching an adjusted R2 of 0.945 and a p-value of < 0.0001. Conclusions: Widespread identification of KRAS exon 2 p.G12C mutations, especially in cases where NGS is not easily achieved is feasible at a population based level that can characterize regional and national patterns of mutation status. Furthermore, this type of mutation prevalence follows a population substructure pattern that can be easily determined by population and ancestral markers such as STR.
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    Sarcoma del sistema nervioso central asociado a DICER1: una caracterización clínica y genómica integral de series de casos de pacientes adultos jóvenes
    (Grupo de Investigación en Oncología Molecular y Biología de Sistemas (Fox-G), Universidad El Bosque, Bogotá, Colombia, 2023) Cardona, Andrés Felipe; Chamorro Ortiz, Diego Fernando; Ruíz Patiño, Alejandro; Gómez, Diego; Muñoz, Álvaro; Ardila, Dora V; García Robledo, Juan Esteban; Ordóñez Reyes, Camila; Sussmann, Liliana; Mosquera, Andrés; Forero, Yency; Rojas, Leonardo; Hakim, Fernando; Jiménez, Enrique; ramón, Juan Fernando; Cifuentes, Hernando; Pineda, Diego; Mejía, Juan Armando; Rodríguez, Julio; Archila, Pilar; Sotelo, Carolina; Moreno Pérez, Darwin; Arrieta, Óscar; Chamorro Ortiz, Diego Fernando [0000-0003-1236-8120]
    Las alteraciones de DICER1 están asociadas con tumores intracraneales en la población pediátrica, incluidos el pineoblastoma, el blastoma hipofisario y el recientemente descrito " sarcoma primario del SNC asociado a DICER1 " (DCS). DCS es un tumor extremadamente agresivo con una firma de metilación distinta y una alta frecuencia de mutaciones concurrentes. Sin embargo, se sabe poco sobre su enfoque de tratamiento y los cambios genómicos que ocurren después de la exposición a la quimiorradioterapia.