A trilocus sequence typing scheme for hospital epidemiology and subspecies differentiation of an important nosocomial pathogen, Enterococcus faecalis
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Fecha
2009
Título de la revista
Publicado en
Journal of Clinical Microbiology, 1098-660X, Vol. 47; Nro. 9, 2009, p. 2713-2719
Publicado por
American Society for Microbiology
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Resumen
En este estudio, presentamos un esquema de tipificación de secuencia trilocus (TLST) basado en regiones intragénicas de dos genes antigénicos, ace y salA (que codifican una adhesina de colágeno / laminina y un antígeno asociado a la pared celular, respectivamente), y un gen asociado con antibiótico resistencia, lsa (que codifica un transportador ABC putativo), para la diferenciación de subespecies de Enterococcus faecalis. Cada uno de los alelos se analizó utilizando 50 aislamientos de E. faecalis que representan 42 tipos de secuencias multilocus diversos (ST M; basado en siete genes de mantenimiento) y cuatro grupos de aislados unidos clonalmente (por electroforesis en gel de campo pulsado [PFGE]). Los perfiles alélicos y / o secuencias concatenadas de los tres genes coincidieron con los resultados de la tipificación de secuencias multilocus (MLST) para la tipificación de 49 de los 50 aislamientos; Además de la única excepción, se encontró que dos aislamientos tenían tipos de TLST idénticos pero eran variantes de un solo locus (que se diferenciaban por un solo nucleótido) según MLST y, por lo tanto, también se clasificaron como relacionados clonalmente por MLST. TLST también fue comparable a PFGE para establecer relaciones epidemiológicas a corto plazo, tipificando todos los aislados clasificados como relacionados clonalmente por PFGE con el mismo tipo. A continuación, se aplicó TLST a aislamientos representativos (de cada subtipo de PFGE y año de aislamiento) de una colección de 48 aislamientos hospitalarios y se demostraron las mismas relaciones entre los aislamientos de una cepa del brote que los encontrados por MLST y PFGE. En conclusión, el esquema TLST descrito aquí demostró ser exitoso para investigar la epidemiología a corto plazo en un entorno hospitalario y puede proporcionar una alternativa a MLST para discriminar aislamientos.
Descripción
Abstract
In this study, we present a trilocus sequence typing (TLST) scheme based on intragenic regions of two antigenic genes, ace and salA (encoding a collagen/laminin adhesin and a cell wall-associated antigen, respectively), and a gene associated with antibiotic resistance, lsa (encoding a putative ABC transporter), for subspecies differentiation of Enterococcus faecalis. Each of the alleles was analyzed using 50 E. faecalis isolates representing 42 diverse multilocus sequence types (STM; based on seven housekeeping genes) and four groups of clonally linked (by pulsed-field gel electrophoresis [PFGE]) isolates. The allelic profiles and/or concatenated sequences of the three genes agreed with multilocus sequence typing (MLST) results for typing of 49 of the 50 isolates; in addition to the one exception, two isolates were found to have identical TLST types but were single-locus variants (differing by a single nucleotide) by MLST and were therefore also classified as clonally related by MLST. TLST was also comparable to PFGE for establishing short-term epidemiological relationships, typing all isolates classified as clonally related by PFGE with the same type. TLST was then applied to representative isolates (of each PFGE subtype and isolation year) of a collection of 48 hospital isolates and demonstrated the same relationships between isolates of an outbreak strain as those found by MLST and PFGE. In conclusion, the TLST scheme described here was shown to be successful for investigating short-term epidemiology in a hospital setting and may provide an alternative to MLST for discriminating isolates.
Palabras clave
Técnicas de tipificación bacteriana, Infección cruzada, Huella de ADN, Enterococcus faecalis, Infecciones bacterianas grampositivas
Keywords
Bacterial typing techniques, Cross infection, DNA fingerprinting, Enterococcus faecalis, Gram-positive bacterial infections