Estandarización de un método molecular para la detección de Candida  albicans

Alfonso Castañeda, Oscar Gabriel

Estandarización de un método molecular para la detección de Candida albicans

dc.contributor.advisor	Castillo Perdomo, Diana Marcela
dc.contributor.advisor	Delgadillo, Nathaly Andrea
dc.contributor.advisor	Lafaurie Villamil, Gloria Inés
dc.contributor.author	Alfonso Castañeda, Oscar Gabriel
dc.date.accessioned	2024-08-28T21:28:26Z
dc.date.available	2024-08-28T21:28:26Z
dc.date.issued	2024-05
dc.description.abstract	Antecedentes: La presencia de Candida albicans en la mucosa oral varía en individuos sanos y aumenta en aquellos con tratamientos de corticoides, enfermedades crónicas o inmunosupresión. El diagnóstico suele basarse en manifestaciones clínicas sin confirmación etiológica. Las pruebas bioquímicas enfrentan dificultades para distinguir entre especies de Candida debido a similitudes metabólicas, lo que subraya la necesidad de métodos moleculares precisos como la qPCR, comparados con métodos establecidos como RapID Yeast y MALDI- TOF-MS. Objetivo: Estandarizar un método molecular para detectar Candida albicans en muestras orales. Métodos: Se evaluaron 45 aislamientos de levaduras de la cavidad oral almacenadas en el cepario de UIBO. Se sembraron en Agar Sabouraud y se extrajo DNA usando el kit Quick-DNATM Fungal/Bacterial Miniprep. La identificación se realizó mediante RapID Yeast Plus, MALDI-TOF-MS y qPCR, y se analizó la concordancia usando estadística descriptiva y la prueba de Kappa de Cohen en STATA. Resultados: De los 45 aislamientos, la qPCR identificó 43 (95.5%) como Candida albicans. RapID Yeast Plus identificó 35 aislamientos (77.7%), y MALDI-TOF-MS identificó 34 (75.5%). RapID Yeast Plus también identificó Candida tropicalis (17.7%) y Candida glabrata (4.44%). MALDI-TOF-MS identificó Candida tropicalis (11.11%), Candida glabrata (8.8%), Candida dubliniensis y Saccharomyces cerevisiae (2.22% cada una). Aunque el porcentaje de acuerdo fue alto entre los métodos, el coeficiente Kappa varió significativamente, mostrando una concordancia moderada entre RapID Yeast Plus y MALDI-TOF-MS (k=0.48) y baja entre qPCR y los otros métodos (k=0.10). Conclusión: La estandarización de la qPCR mejoró la identificación de Candida albicans, optimizando el diagnóstico y tratamiento de infecciones por esta levadura en pacientes.
dc.description.abstractenglish	Background: Candida albicans in the oral mucosa varies in healthy individuals and increases in those with corticosteroid treatments, chronic diseases, or immunosuppression. The diagnosis is usually based on clinical manifestations without etiological confirmation. Biochemical tests face difficulties distinguishing between Candida species due to metabolic similarities, underscoring the need for precise molecular methods such as qPCR compared to established methods such as RapID Yeast and MALDI-TOF-MS. Objective: Standardize a molecular method to detect Candida albicans in oral samples. Methods: 45 yeast isolates were evaluated from the oral cavity stored in the UIBO strain collection. They were plated on Sabouraud Agar, and DNA was extracted using the Quick-DNATM Fungal/Bacterial Miniprep kit. Identification was performed using RapID Yeast Plus, MALDI-TOF-MS, and qPCR, and agreement was analyzed using descriptive statistics and Cohen's Kappa test in STATA. Results: Of the 45 isolates, qPCR identified 43 (95.5%) as Candida albicans. RapID Yeast Plus identified 35 isolates (77.7%), and MALDI-TOF-MS identified 34 (75.5%). RapID Yeast Plus also identified Candida tropicalis (17.7%) and Candida glabrata (4.44%). MALDI-TOF-MS identified Candida tropicalis (11.11%), Candida glabrata (8.8%), Candida dubliniensis and Saccharomyces cerevisiae (2.22%). Although the percentage agreement was high between the methods, the Kappa coefficient varied significantly, showing moderate agreement between RapID Yeast Plus and MALDI-TOF-MS (k=0.48) and low agreement between qPCR and the other methods (k=0.10). Conclusions: The standardization of qPCR improved the identification of Candida albicans, optimizing the diagnosis and treatment of infections caused by this yeast in patients.
dc.description.degreelevel	Pregrado	spa
dc.description.degreename	Odontólogo	spa
dc.description.sponsorship	Grupo de investigación UIBO – Unidad de Investigación Básica Oral
dc.format.mimetype	application/pdf
dc.identifier.instname	instname:Universidad El Bosque	spa
dc.identifier.reponame	reponame:Repositorio Institucional Universidad El Bosque	spa
dc.identifier.repourl	repourl:https://repositorio.unbosque.edu.co
dc.identifier.uri	https://hdl.handle.net/20.500.12495/12913
dc.language.iso	es
dc.publisher.faculty	Facultad de Odontología	spa
dc.publisher.grantor	Universidad El Bosque	spa
dc.publisher.program	Odontología	spa
dc.relation.references	Addy, L. D., & Martin, M. V. (2004). Azithromycin and dentistry a useful agent?. British dental journal, 197(3), 141-143.
dc.relation.references	Bonifaz A, Montelongo-Martínez F, Araiza J, González GM, Treviño-Rangel R, Flores- Garduño A, (2019). Evaluación de MALDI-TOF MS para la identificación de levaduras patógenas oportunistas de muestras clínicas. Rev Chil Infectol ,36(6):790-793.
dc.relation.references	Busser FD, Coelho VC, Fonseca CA, Del Negro GMB, Shikanai-Yasuda MA, Lopes MH, (2020). A Real Time PCR strategy for the detection and quantification of Candida albicans in human blood. Rev Inst Med Trop Sao Paulo, 62.
dc.relation.references	Calderone RA, Fonzi WA (2001). Virulence factors of Candida albicans. Trends Microbiol, 9(7):327-335.
dc.relation.references	De la Calle Rodríguez N, Santa Vélez C, Cardona Castro N (2012). Factores de virulencia para la infección de tejidos queratinizados por Candida albicans y hongos dermatofitos. CES Medicina, 26(1):43-55.
dc.relation.references	Dubois VA, Salgado PA, Gliosca LA, Molgatini SL (2023). gDNA extraction from Candida albicans and Candida dubliniensis in subgingival samples in Argentina. Evaluation of different methods. Acta Odontol Latinoam, 36(2):78.
dc.relation.references	Figueroa AA, Santana AA, Martínez OC, Juárez S, Mora EB, Olivares LRC (2010). Sensibilidad y especificidad entre dos medios cromogénicos para la identificación de Candida spp. Enferm Infecc Microbiol, 30(3):78-82.
dc.relation.references	García LT, Luna LJ, Velasco TK, Guerra BE (2017). Nueva reacción en cadena de la polimerasa múltiple para el diagnóstico específico de especies implicadas en la candidiasis humana. Biomédica,37(2):200-208.
dc.relation.references	Guiver M, Levi K, Oppenheim BA (2001). Rapid identification of candida species by TaqMan PCR. J Clin Pathol, 54(5):362-366.
dc.relation.references	Gutiérrez M, López S (2010). Mecanismos de entrada de virus: una manera de conocer a la célula. TIP Rev Esp Cienc Quím Biol, 13(1):26-34.
dc.relation.references	Neppelenbroek K (2014). Identification of Candida species in the clinical laboratory: a review of conventional, commercial, and molecular techniques. Oral Dis, 20:329– 344.
dc.relation.references	Ospina WP, Cortés JA (2011). Diagnóstico molecular de candidemia mediante PCR semianidada en pacientes críticos. Acta Méd Colomb, 36(3):135-140
dc.relation.references	Otero Rey E, Peñamaría Mallón M, Rodríguez Piñón M, Martín Biedma B, Blanco Carrión A (2015). Candidiasis oral en el paciente mayor. Av Odontoestomatol, 31(3):135-148.
dc.relation.references	Palomino-Camargo C, González-Muñoz Y (2014). Técnicas moleculares para la detección e identificación de patógenos en alimentos: ventajas y limitaciones. Rev Peru Med Exp Salud Publica, 31:535-546.
dc.relation.references	Panizo MM, Reviákina V (2001). Candida albicans y su efecto patógeno sobre las mucosas. Rev Soc Venez Microbiol, 21(2):38-45.
dc.relation.references	Patel M (2022). Cavidad Oral y Candida albicans: Colonización al Desarrollo de Infección. Patógenos, 11(3):335.
dc.relation.references	Rico E, Tatiana L (2008). Prevalencia de candida albicans en cavidad oral de personas sistémicamente sanas. Revisión de la literatura.
dc.relation.references	Ruiz-Herrera J, Victoria Elorza M, Valentín E, Sentandreu R (2006). Molecular organization of the cell wall of Candida albicans and its relation to pathogenicity. FEMS Yeast Res, 6(1):14-29.
dc.relation.references	Tamay de Dios L, Ibarra C, Velasquillo C (2013). Fundamentos de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) y de la PCR en tiempo real. Investigación en discapacidad, 2(2):70-78.
dc.relation.references	Yebra-Pimentel E, González-Méijome JM, García-Resúa C, Giráldez-Fernández MJ (2008). Relación entre los componentes ópticos oculares e implicaciones en el proceso de emetropización. Arch Soc Esp Oftalmol, 83(5):307-316.
dc.relation.references	Zdanavičienė E, Sakalauskienė J, Gleiznys A, Gleiznys D, Žilinskas J(2017). Host responses to Candida albicans. A review. Stomatologija, 19(4):109–123.
dc.rights	Atribución-NoComercial-CompartirIgual 4.0 Internacional	en
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dc.rights.local	Acceso abierto	spa
dc.rights.uri	http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/
dc.subject	Candida albicans
dc.subject	qPCR
dc.subject	RapID Yeast
dc.subject	MALDI TOF-MS
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dc.subject.keywords	MALDI TOF-MS
dc.subject.nlm	WU 100
dc.title	Estandarización de un método molecular para la detección de Candida albicans
dc.title.translated	Standardization of a molecular method for the detection of Candida albicans
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dc.type.local	Tesis/Trabajo de grado - Monografía - Pregrado	spa