Evaluación del desempeño de diferentes pruebas serológicas y virologicas para la confirmación de casos de infección por CHIKV en niños con síndrome febril

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dc.contributor.advisorCastellanos Parra, Jaime Eduardo
dc.contributor.authorJaimes Jaimes, Nayeli Alejandra
dc.contributor.orcidJaimes Jaimes, Nayeli Alejandra [0000-0001-8274-8562]
dc.date.accessioned2022-02-17T20:14:08Z
dc.date.available2022-02-17T20:14:08Z
dc.date.issued2021
dc.description.abstractIntroducción: El diagnóstico de laboratorio es importante para la confirmación de los casos probables de infección por virus de chikungunya (CHIKV) y se recomienda usar pruebas moleculares basadas en la detección del genoma viral por PCR previa transcripción inversa, en muestras recolectadas durante la fase febril. Objetivo: Evaluar el desempeño de diferentes métodos de detección de RNA viral de CHIKV en muestras de individuos con sospecha de arbovirosis. Metodología: Se realizó extracción de RNA a muestras de suero de individuos febriles, y se procesaron por el método descrito por Calvo et al, en 2016 como estándar de diagnóstico. Simultáneamente se procesaron por una PCR anidada y dos qPCR utilizando los cebadores reportados por Pastorino en 2005 y Lanciotti en 2007. Los datos obtenidos se analizaron en Stata, evaluando la frecuencia de muestras positivas y comparando las variables operativas de cada una de las pruebas. Determinando la sensibilidad y especificidad de cada una de las pruebas. Resultados: Del total de las 196 muestras analizadas, el 83,16% fueron positivas para la RT-qPCR dirigida contra el gen E1, el 79,59% positivas para la qPCR dirigida contra el gen nsP4, el 73,47% y 75% resultaron positivas en las PCR anidada dirigida contra el gen E1 y NSP4 respectivamente. La sensibilidad y especificidad de la qPCR de Pastorino fue de 90.0% (IC 84.2%-93.8%) y 39.1% (IC 26.4%-53.5%), mientras que los valores de sensibilidad obtenidos en la PCR anidada fueron 95.7% (IC 91.2%-98%) y 83.3% (IC 76.6%-88.4%), mientras que la especificidad fue de 98.9% (IC 90.6%-99.9%) y 54,3% (IC 40.2%-67.8%) respectivamente. Conclusión: Los resultados indican que la qPCR realizada con los cebadores de Pastorino presenta una sensibilidad superior respecto a las dos PCR anidadas, lo cual sugiere que esta prueba permitiría identificar un mayor número de casos.spa
dc.description.abstractenglishIntroduction: Laboratory diagnosis is important for the confirmation of probable cases of infection by chikungunya virus (CHIKV) and it is recommended to use molecular tests based on the detection of the viral genome by PCR prior to reverse transcription, in samples collected during the febrile phase. Objective: To evaluate the performance of different methods for detecting CHIKV viral RNA in samples from individuals with suspected arbovirosis. Methodology: RNA was extracted from serum samples from febrile individuals, and they were processed by the method described by Calvo et al, in 2016 as a diagnostic standard. Simultaneously, they were processed by a nested PCR and two qPCRs using the primers reported by Pastorino in 2005 and Lanciotti in 2007. The data obtained was analyzed in Stata, evaluating the frequency of positive samples and comparing the operational variables of each of the tests. Determining the sensitivity and specificity of each of the tests. Results: Of the total of the 196 samples analyzed, 83.16% were positive for RT-qPCR directed against the E1 gene, 79.59% positive for qPCR directed against the nsP4 gene, 73.47% and 75 % were positive in nested PCR directed against the E1 and NSP4 gene, respectively. The sensitivity and specificity of the Pastorino qPCR was 90.0% (CI 84.2% -93.8%) and 39.1% (CI 26.4% -53.5%), while the sensitivity values obtained in the nested PCR were 95.7% (CI 91.2 % -98%) and 83.3% (CI 76.6% -88.4%), while the specificity was 98.9% (CI 90.6% -99.9%) and 54.3% (CI 40.2% -67.8%) respectively. Conclusion: The results indicate that the qPCR performed with the Pastorino primers has a higher sensitivity compared to the two nested PCRs, which suggests that this test would allow a greater number of cases to be identified.eng
dc.description.degreelevelMaestríaspa
dc.description.degreenameMagíster en Ciencias Básicas Biomédicasspa
dc.description.sponsorshipColcienciasspa
dc.format.mimetypeapplication/pdf
dc.identifier.instnameinstname:Universidad El Bosquespa
dc.identifier.reponamereponame:Repositorio Institucional Universidad El Bosquespa
dc.identifier.repourlrepourl:https://repositorio.unbosque.edu.co
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/20.500.12495/6907
dc.language.isospa
dc.publisher.facultyFacultad de Medicinaspa
dc.publisher.grantorUniversidad El Bosquespa
dc.publisher.programMaestría en Ciencias Básicas Biomédicasspa
dc.rightsAtribución-NoComercial-CompartirIgual 4.0 Internacional*
dc.rights.accessrightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.accessrightshttps://purl.org/coar/access_right/c_abf2
dc.rights.localAcceso abiertospa
dc.rights.urihttps://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/*
dc.subjectVirus Chikungunyaspa
dc.subjectDiagnosticospa
dc.subjectEspecificidadspa
dc.subjectSensibilidadspa
dc.subject.keywordsChikungunya virusspa
dc.subject.keywordsDiagnosisspa
dc.subject.keywordsSensitivityspa
dc.subject.keywordsSpecificityspa
dc.subject.nlmW 50
dc.titleEvaluación del desempeño de diferentes pruebas serológicas y virologicas para la confirmación de casos de infección por CHIKV en niños con síndrome febrilspa
dc.title.translatedEvaluation of the performance of different serological and virological tests for the confirmation of cases of CHIKV infection in children with febrile syndromespa
dc.type.coarhttps://purl.org/coar/resource_type/c_bdcc
dc.type.coarversionhttps://purl.org/coar/version/c_ab4af688f83e57aa
dc.type.driverinfo:eu-repo/semantics/masterThesis
dc.type.hasversioninfo:eu-repo/semantics/acceptedVersion
dc.type.localTesis/Trabajo de grado - Monografía - Maestríaspa

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