Evaluación del desempeño de diferentes pruebas serológicas y virologicas para la confirmación de casos de infección por CHIKV en niños con síndrome febril
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2021
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Resumen
Introducción: El diagnóstico de laboratorio es importante para la confirmación de los casos probables de infección por virus de chikungunya (CHIKV) y se recomienda usar pruebas moleculares basadas en la detección del genoma viral por PCR previa transcripción inversa, en muestras recolectadas durante la fase febril. Objetivo: Evaluar el desempeño de diferentes métodos de detección de RNA viral de CHIKV en muestras de individuos con sospecha de arbovirosis. Metodología: Se realizó extracción de RNA a muestras de suero de individuos febriles, y se procesaron por el método descrito por Calvo et al, en 2016 como estándar de diagnóstico. Simultáneamente se procesaron por una PCR anidada y dos qPCR utilizando los cebadores reportados por Pastorino en 2005 y Lanciotti en 2007. Los datos obtenidos se analizaron en Stata, evaluando la frecuencia de muestras positivas y comparando las variables operativas de cada una de las pruebas. Determinando la sensibilidad y especificidad de cada una de las pruebas.
Resultados: Del total de las 196 muestras analizadas, el 83,16% fueron positivas para la RT-qPCR dirigida contra el gen E1, el 79,59% positivas para la qPCR dirigida contra el gen nsP4, el 73,47% y 75% resultaron positivas en las PCR anidada dirigida contra el gen E1 y NSP4 respectivamente. La sensibilidad y especificidad de la qPCR de Pastorino fue de 90.0% (IC 84.2%-93.8%) y 39.1% (IC 26.4%-53.5%), mientras que los valores de sensibilidad obtenidos en la PCR anidada fueron 95.7% (IC 91.2%-98%) y 83.3% (IC 76.6%-88.4%), mientras que la especificidad fue de 98.9% (IC 90.6%-99.9%) y 54,3% (IC 40.2%-67.8%) respectivamente. Conclusión: Los resultados indican que la qPCR realizada con los cebadores de Pastorino presenta una sensibilidad superior respecto a las dos PCR anidadas, lo cual sugiere que esta prueba permitiría identificar un mayor número de casos.
Descripción
Abstract
Introduction: Laboratory diagnosis is important for the confirmation of probable cases of infection by chikungunya virus (CHIKV) and it is recommended to use molecular tests based on the detection of the viral genome by PCR prior to reverse transcription, in samples collected during the febrile phase. Objective: To evaluate the performance of different methods for detecting CHIKV viral RNA in samples from individuals with suspected arbovirosis.
Methodology: RNA was extracted from serum samples from febrile individuals, and they were processed by the method described by Calvo et al, in 2016 as a diagnostic standard. Simultaneously, they were processed by a nested PCR and two qPCRs using the primers reported by Pastorino in 2005 and Lanciotti in 2007. The data obtained was analyzed in Stata, evaluating the frequency of positive samples and comparing the operational variables of each of the tests. Determining the sensitivity and specificity of each of the tests. Results: Of the total of the 196 samples analyzed, 83.16% were positive for RT-qPCR directed against the E1 gene, 79.59% positive for qPCR directed against the nsP4 gene, 73.47% and 75 % were positive in nested PCR directed against the E1 and NSP4 gene, respectively. The sensitivity and specificity of the Pastorino qPCR was 90.0% (CI 84.2% -93.8%) and 39.1% (CI 26.4% -53.5%), while the sensitivity values obtained in the nested PCR were 95.7% (CI 91.2 % -98%) and 83.3% (CI 76.6% -88.4%), while the specificity was 98.9% (CI 90.6% -99.9%) and 54.3% (CI 40.2% -67.8%) respectively. Conclusion: The results indicate that the qPCR performed with the Pastorino primers has a higher sensitivity compared to the two nested PCRs, which suggests that this test would allow a greater number of cases to be identified.
Palabras clave
Virus Chikungunya, Diagnostico, Especificidad, Sensibilidad
Keywords
Chikungunya virus, Diagnosis, Sensitivity, Specificity