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https://hdl.handle.net/20.500.12495/9

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Abundancia y estructura poblacional de la colonia de carollia perspicillata (Chiroptera) en la cueva Macarégua (Santander, Colombia)
(2017) Peña Rojas, Daniel Ricardo; Pérez Torres, Jairo
El tamaño poblacional y la estructura social de Carollia perspicillata, han sido estudiados en diferentes partes del trópico, obteniendo resultados similares. El presente trabajo realizado durante un año de muestreo, estima la abundancia poblacional y se hace una revisión a la estructura social y dinámica sexual de la especie relacionada con la época lluviosa y seca de la región de una colonia de C. perspicillata, en la cueva Macaregua ubicada en el municipio de Santander; cueva catalogada como SICOM (sitio importante para la conservación de murciélagos). Se obtuvo un tamaño poblacional de 2255 con un rango entre 1077 y 3284, la proporción sexual fue de 1.0:1.2; la colonia tiene una estructura social de pirámide inversa. La colonia tiene su pico de reproducción durante la época húmeda y se evidenció que existe sincronía sexual.
Acercamiento a la estructura del microbioma foliar de una variedad comercial de Bactris gasipaes (chontaduro) de Bahía Málaga, Valle del Cauca, Colombia
(2021) Díaz Beltrán, Hernán Camilo; Restrepo Restrepo, Silvia; Cárdenas Toquica, Martha Emiliana
La filosfera es un ecosistema capaz de albergar un microbioma compuesto de comunidades microbianas grandes y diversas, que ha despertado un gran interés debido a que este puede tener efectos profundos en el estado fitosanitario y rendimiento de las plantas; gracias al potencial que presentan principalmente las bacterias y hongos que allí se encuentran. Sin embargo, producto de diversos factores, el conocimiento que se tiene a la fecha sobre el microbioma de la filosfera de palmas amazónicas es limitado. Este es el caso de Bactris gasipaes (la palma del chontaduro), una palma de suma relevancia cultural, social y económica en Colombia, que ha experimentado una caída en su productividad derivada de aspectos fitosanitarios. El presente estudio proporciona la primera caracterización de las comunidades bacterianas del microbioma foliar de Bactris gasipaes y el aislamiento de hongos endófitos provenientes de hojas asintomáticas y sintomáticas (presencia de manchas foliares cloróticas). Por medio de la secuenciación del ARNr 16S con Nanopore, empleando el flujo de trabajo sugerido por ONT que utiliza EPI2ME, se determinó una baja diversidad bacteriana representada en un total de 28 filos bacterianos. El filo más abundante fue Cyanobacteria seguido por los filos Firmicutes y Proteobacteria, independientemente del sitio de muestreo y de la posición en la hoja. Se aislaron 48 morfotipos de hongos endófitos cultivables, de los cuales 5 fueron determinados hasta el nivel de género.
Un acercamiento holístico a la frugivoría en árboles premontanos del municipio de Medina, Cundinamarca
(2021) Galvis Salamanca, Lina María; Stevenson Díaz, Pablo Roberto
La frugivoría es una de las interacciones ecologicas más importantes entre plantas y animales, en la cual los frugívoros al alimentarse de los frutos benefician a las plantas transportando sus semillas lejos de los parentales. Por esa razón el objetivo de este trabajo es comparar la influencia de los síndromes de dispersión en frugivoros diurnos y nocturnos en cinco especies de árboles premontanos, en una zona del municipio de Medina, Cundinamarca. Para estudiar los síndromes de dispersión se escogieron especies de plantas con frutos morfológicamente distintos, las cuales fueron monitoreadas mediante avistamientos, cámaras trampa y trampas de caída, durante un periodo de dos meses y medio. En el muestreo de los árboles focales se registraron todas las especies frugívoras que se alimentaran de los frutos, obteniendo tasas de alimentación, duración de visita de cada individuo y biomasa extraída durante el día y la noche. Se identificaron 54 especies frugívoras, dentro de las cuales 10 se consideran potenciales dispersores clave, pertenecientes a las familias Corvidae, Thraupidae, Ramphastidae, Icteridae y Parulidae. Respecto a los síndromes de dispersión se encontro que los frugívoros se ven influenciados en gran medida por el tamaño del fruto, cantidad de semillas y ubicación de las plantas; especies del genero Cecropia y Miconia fueron consumidas principalmente por aves, mientras que Bunchosia y Ficus fueron preferidos por mamíferos.
El acondicionamiento de los parasitoides coptera haywardi y eurytoma sivinskii con olores de pupas de la mosca mexicana de la Fruta, anastrepha ludens (diptera: tephritidae), no mejora su eficiencia de parasitoidismo
(2020) Jiménez Acosta, Kevin Fernando; Aluja Schuneman Hofer, Martín Ramón
La Mosca Mexicana de la Fruta, Anastrepha ludens, es una especie plaga de importancia económica principalmente en México, pero también en el sur de EUA y diversos países en Centroamérica. Anastrepha ludens ataca diversos frutales con valor comercial, principalmente al mango y varias especies de cítricos. El control biológico con avispas parasitoides es una técnica de manejo biorracional efectiva para controlar poblaciones de Moscas de la Fruta plaga. El acondicionamiento de parasitoides previo a su liberación ha demostrado ser una buena técnica para mejorar el parasitoidismo en campo. Esta tesis se enfocó en la exposición de los parasitoides Coptera haywardi y Eurytoma sivinskii a olores de pupas de A. ludens con el fin de examinar experimentalmente si el acondicionamiento a estos olores podría aumentar su habilidad de parasitoidismo. La exposición a los olores se realizó con pupas de A. ludens que se encontraban en recipientes cubiertos con tapas de malla para evitar que los parasitoides tuvieran contacto físico con las pupas, pero permitiendo que cualquier olor de las pupas saliera de los recipientes y estuviera en contacto con los parasitoides. Los parasitoides se acondicionaron a los olores de pupas de A. ludens por 4 días. Después se evaluó el parasitoidismo en pupas de A. ludens colocadas sobre la superficie de suelo tipo arcilla o enterradas a profundidades de 1 o 3 cm. Se encontró que las pupas colocadas en la superficie del suelo (0 cm) fueron más parasitadas en comparación con las pupas enterradas a 1 y 3 cm. Entre ambas especies de parasitoides, C. haywardi presentó el mayor porcentaje de parasitoidismo y fue la única especie que atacó pupas enterradas (1 y 3 cm). El acondicionamiento de los parasitoides C. haywardi y E. sivinskii a los olores de pupas de A. ludens, no mejoró su capacidad de parasitoidismo.
Actividades de apoyo de pasantía y levantamiento preliminar de especies de aves presentes en el bosque alto andino del parque zoológico Guátika Fincaaventura S.A.S., Tibasosa, Boyacá, Colombia
(2021) García Cerón, Paola Andrea; Santafé Millán, Clara Eswanhill; Peleteiro Fiuza, Seila
El trabajo se realizó en el Parque zoológico Guátika, Tibasosa, Boyacá, Colombia, en un periodo de 61 días de campo entre los meses de septiembre y noviembre del 2016. Durante este tiempo se desarrollaron tres fases de trabajo, la primera fue la fase de investigación, en esta se realizó un levantamiento de información de aves del bosque alto-andino del parque, donde se desarrollaron dos técnicas para la detección de aves, técnica por recorridos, de aproximadamente 5km en cada tipo de bosque o hábitat presente en el área, justo antes del amanecer y la técnica por puntos de conteo, en donde se tomó nota de las especies e individuos vistos en un periodo que varió entre los 10 y 25 minutos por punto, durante la tarde. Se registró un total de 16 especies de aves, agrupadas en 12 familias. La segunda fase de trabajo fue la operativa, en esta se desarrollaron principalmente actividades de enriquecimiento ambiental donde se diseñaron, elaboraron e implementaron diferentes herramientas que estimulan a los animales a desarrollar cambios conductuales típicos de la especies, actividades como apoyó y seguimiento a procedimientos veterinarios de animales que requerían revisión, exámenes o algún tratamiento médico dentro del parque, y por último se ejecutaron labores administrativas, enmarcadas dentro de las funciones de pasantía bajo la supervisión de personal autorizado del parque. Por último, como tercera fase, fue la de acompañamiento al trabajo de pasantía titulado, “Levantamiento preliminar de géneros de plantas en el bosque alto andino, del parque temático, Guátika S.A.S, Tibasosa, Boyacá, Colombia”.
Actividades de pasantía y levantamiento preliminar de géneros de plantas en el bosque alto andino del parque temático Guátika Fincaventura S.A.S. Tibasosa, Boyacá, Colombia
(2021) Almentero Villadiego, Luis Miguel; Santafé Millán, Clara Eswanhill
Los estudios de flora son uno de los principales soportes para la planificación, manejo y conservación de los ecosistemas tropicales, La fase de investigación se realizó en los meses comprendidos entre septiembre y noviembre de 2016 en el bosque alto andino del parque temático Guátika fincaventura S.A.S Tibasosa Boyacá, Colombia que se caracteriza por presentar una vegetación nativa con un estrato máximo de 12 m, presenta especies epifitas y herbáceas que ayudan protegen y controlan los cauces de las corrientes y las laderas.En la investigación se siguió dos metodologías la primera etapa I: propuesta por el "Manual de métodos para el desarrollo de inventarios de biodiversidad" del Instituto de investigación de recursos Biológicos Alexander Von Humboldt el cual se modificó por el autor para así lograr el objetivo de registrar la mayor cantidad de géneros presentes en el bosque alto andino y así ayudar a su conservación, la segunda etapa II se implementó el método Observación directa (Torres,2001) que plantea realizar determinación de la flora presente en el área de trabajo que sea externa al punto focal ,gracias al trabajo se desarrolló una herramienta ambiental como ayuda para la educación ambiental (catálogo de géneros), a partir de este trabajo se definieron 51 morfotipos, agrupados en un total de 39 géneros, siendo los géneros Acacia , Pelagonium y solanum los más predominantes, En la fase operativa se realizaron todas las actividades correspondientes a la pasantía como lo son : Enriquecimientos ambientales, procedimientos veterinarios, dietas alimenticias, interprete ambiental,etc. para así adquirir experiencia en el manejo de fauna silvestre y demostrar los conocimientos adquiridos en la Universidad El Bosque.
Actualización de los registros del herbario hueb y análisis de la riqueza de la colección por localidades y grupos taxonómicos
(2021) Rodríguez Ruiz, David Sebastián; Héctor Orlando, Lancheros Redondo
La colección del HUEB es una fuente de consulta permanente que requiere de actualizar la información para que se reduzca el margen de error en la búsqueda de datos dentro de esta, es por ello que la verificación de estos registros se realizó comparando con los herbarios en linea, bases de datos, el catalogo de plantas y líquenes de Colombia. El desarrollo de este trabajo se centró en los dos grupos más grandes de la colección el reino Fungi y el reino Plantae; del primer grupo el trabajo consistió en la revisión de los filos Ascomycota con 1.978 registros y Basidiomycota con 718; en el segundo grupo solo se revisó en el filo Tracheophyta con 4.918 registros, esto debido a que previamente ya se ha realizado una trabajo de grado en la revisión de las muestras de Bryophyta. La evaluación de la riqueza por grupos taxonómicos y departamentos se desarrolló mediante la organización de subconjuntos de datos después de la revisión de los registros, para esto se usaron las tablas dinámicas de la hoja de cálculo LibreOffice Calc; a partir de estas se elaboraron los gráficas de número de registros para la totalidad de la colección, para reino Plantae y reino Fungi, también se elaboraron los gráficas de riquezas por departamento, y gráficas de los nuevos registros del HUEB. Los departamentos con mayor numero de registros fueron Cundinamarca y Meta que además presentaron el mayor número de nuevos registros. Finalmente se planteó la necesidad continuar con trabajos de pasantía para elevar el número de organismos identificados hasta especie debido a que solo el 20.5% de la colección se encuentra identificado en este nivel.
Almacenamiento y germinación de semillas de Espeletia grandiflora
(2020) Bohórquez García, Brayan Enrique; Hernández Sánchez, Juan Pablo
Espeletia grandiflora fue de las primeras especies descritas en Colombia por el botánico Cuatrecasas es una especie insignia en nuestros páramos, el interés por llevar este estudio radica en la fragilidad de nuestros páramos y en el primer registro de afectaciones en frailejones que fue realizado durante el desarrollo del programa nacional integrado de adaptación al cambio climático INAP donde expusieron unas afectaciones inusuales en Espeletia provenientes de plagas de artrópodos y hongos. Razón por la cual es necesario realizar estudios previos para garantizar conservar la especie en y fuera de su habitad. Se evaluaron dos formas de almacenamiento de las semillas de E. grandiflora por un periodo de un año, para medir su capacidad germinativa y la viabilidad de las semillas post almacenaje, se sometieron las semillas a tratamientos pre germinativos y pruebas químicas de viabilidad, además de las semillas colectadas provenientes del Parque Natural Regional Siscunsí Ocetá se tomaron muestras de suelo de la rizosfera de E. grandiflora con el objetivo de aislar bacterias fijadoras de nitrógeno e inocular las semillas para comprobar el efecto sobre su germinación.
Almacenes de carbono y emisiones de metano en manglares con diferente composición de especies en la costa de Veracruz, México
(2018) Junca Gómez, Diego Alejandro; Hernández Alarcón, María Elizabeth
En México existe poca información sobre la función de los manglares en el ciclo del carbono y su relación con las tasas de emisión de gases de efecto invernadero (GEI) bajo diferentes condiciones ambientales y su papel como sumideros de carbono. Este estudio cuantificó las emisiones mensuales de metano y los almacenes de carbono en suelo, biomasa aérea y raíces subterráneas de cuatro zonas de manglar con diferente composición de especies de Rhizophora mangle, Avicennia germinans, Laguncularia racemosa y en un manglar mixto con las tres especies. El estudio se llevó a cabo en tres lagunas costeras de la planicie costera del Estado de Veracruz, México, La Mancha - manglar negro (MMN) La Mancha – manglar mixto (MMM), Boquilla de Oro – manglar rojo (BMR) y Boca Andrea – manglar blanco (BAMB). Los flujos de CH4 se midieron por el método de cámara cerrada y los almacenes de carbono para suelos se tomaron con un nucleador de turba ruso tomando 6 muestras de suelo en cada sitio. El almacén de carbono en biomasa se determinó por mediciones de DAP estableciendo tres parcelas cuadradas de 10 x 10 mts, dentro de un área núcleo y los almacenes de carbono en raíces se tomaron mediante tubos de PVC de volumen conocido tomando 3 muestras por estación de monitoreo. Los resultados mostraron que las emisiones de CH4 más altas significativamente se presentaban en el sitio BMR en todo el estudio (6.70 mg m-2 min-1) y entre temporadas Invierno (I) – Primavera (P) ( I = 7.76 mg m-2 min-1 – P = 10.55 mg m-2 min-1), sitio que presentó una inundación constante , suelos orgánicos y una concentración de sales muy baja favoreciendo la producción de CH4; y las menores emisiones en todo el estudio correspondieron a MMM (0.05 mg m-2 min-1), MMN (0.0005 mg m-2 min-1), BAMB (-0.007 mg m-2 min-1) y entre temporadas, (MMM I = 0.08 mg m-2 min-1 – P = -0.004 mg m-2 min-1; BAMB I = -0.01 mg Almacenes de carbono y emisiones de metano en manglares en la costa de Veracruz, México Junca-Gómez, D m-2 min-1 –P = 0.003 mg m-2 min-1; MMN I = -0.002 mg m-2 min-1 – P = 0.005 mg m-2 min-1), Los sitios que no presentaron una inundación constante, tenían suelos que no eran muy orgánicos y presentaban altas concentraciones de sales. El almacén de carbono en suelo más alto se encontró para BAMB (1276.72 Mg C ha-1) aclarando que los suelos de este sitio eran arenosos y mucho más pesados pero presentaba bajas concentraciones de carbono, Le siguió BMR (533.83 Mg C ha-1), y con valores menores MMM (440.10 Mg C ha-1) y MMN (401.46 Mg C ha-1), sin embargo, no hubo diferencias significativas entre los sitios. El almacén de carbono en biomasa tampoco fue significativamente diferente entre los sitios (MMM, 20.88 Mg C ha-1; BAMB, 34.31 Mg C ha-1; BMR, 88.04 Mg C ha-1; MMN, 98.71 Mg C ha-1) y el almacén de carbono en raíces tampoco varió significativamente entre los sitios (MMN, 1.34 Mg C ha-1; BAMB, 3.24 Mg C ha-1; MMM, 3.78 Mg C ha-1; BMR 7.23 Mg C ha-1). Un análisis de correlación con los factores ambientales mostró que las emisiones de CH4 presentaron una variación inversa con NO3, Cl- y SO4 lo que sugiere que su producción se da por la baja concentración de estos iones. Así mismo presentó una correlación positiva con el hidroperíodo y la temperatura ambiente, dando a conocer que los suelos inundados favorecen la producción de CH4 y la temperatura ambiente aumenta la concentración del gas en los periodos cálidos y disminuye en los periodos fríos.
Alternativas enfocadas a disminuir la presión ejercida por los visitantes sobre el delfín rosado (Inia geoffrensis) para la regulación del turismo sostenible en la vereda Damas del Nare, Guaviare, Colombia
(2021) Sánchez Castiblanco, Yesid Leonardo; Dueñas Valderrama, Fernando
El presente trabajo se ejecutó en la vereda Damas del Nare, ubicada en San José del Guaviare, Guaviare, Colombia. Se realizó el levantamiento de información a la creación de 3 nuevos senderos para los predios La Troncosera, Villa Valentina y Villa Lilia en asociación con empresas prestadoras de servicio turístico (Asopronare y Villa Lilia). A estos senderos se les realizó también la capacidad de carga efectiva tomando datos de los componentes bióticos y abióticos para el número de turistas por día y los espectros de oportunidad ecoturística que pudiera presentar cada predio, esto con el fin de disminuir la presión ejercida en el atractivo natural que tiene la vereda, el cual es el avistamiento de delfín rosado (Inia geoffrensis) regulando el turismo en la laguna Damas del Nare donde se encuentran los delfines para que la cantidad de turistas no afecte el comportamiento de forma negativa en estos animales. Para esto, también se hicieron descripciones comportamentales del delfín por medio de avistamientos para ver que o cuales conductas son clave cuando el individuo entra en estrés si el número de visitantes aumenta dentro de la laguna, con el fin de regular la capacidad de carga dentro del espejo de agua; así mismo se diseñaron herramientas para la generación de conocimientos por medio de estrategias divulgativas que permitan la conservación de la zona para el buen manejo de los recursos como parte del turismo sostenible.
Análisis de contenido estomacal de la Raya mariposa Gymnura Marmorata en la Costa Occidental del Golfo de California, Baja California Sur, México
(2021) Castro Díaz, Alejandra; Galván-Magaña, Felipe
Debido a su estrategia de vida tipo K los elasmobranquios son susceptibles a la sobrepesca ya que esta podría tener efectos en su biología, ecología y también en el sector socioeconómico mexicano. La falta de detalles e información limitada que aportan las pesquerías artesanales puede contribuir al problema de a la pesca no regulada. La raya mariposa Gymnura marmorata es una especie bentónica costera distribuida desde del sur de California (E.E.U.U) hasta México incluyendo el Golfo de California y actualmente es la cuarta especie de rayas más capturada en el Golfo de California, por lo que conocer su biología podría ayudar a obtener un mejor manejo pesquero. Por esto se planteó determinar los hábitos alimenticios de G. marmorata en una zona del Golfo de California. Las muestras fueron obtenidas de dos campos pesqueros (La Darsena y San Bruno) en la zona de Santa Rosalía, Baja California Sur, en las temporadas entre finales de verano a finales de invierno del 2019 al 2020. A partir de las muestras colectadas se realizó el análisis estomacal, se determinó la composición de la dieta por medio de medidas relativas cuantitativas (%N, %FO y %G) e índices de importancia (%IIR y %PSIRI). También se obtuvo la amplitud de la dieta a partir del índice de Levin y la gráfica de Amundsen. Por último, se obtuvo el nivel trófico de la dieta. En total fueron obtenidos 59 estómagos, de los cuales 63% presentaron contenido estomacal, el 37% restante se encontraron vacíos. La mayoría de los estómagos analizados (n= 37) pertenecían a estadíos juveniles. Adicionalmente los estómagos mostraron un llenado bajo (1-25%) y la mayoría de las presas encontradas presentaban un estado de digestión avanzado. Dentro de la composición de la dieta fueron determinadas 18 categorías presas y se encontraron un total de 46 presas, las presas representativas de la dieta de G. marmorata fueron las pertenecientes a la clase Teleostei (PSIRI de 75.99%). Dentro de esta se puede encontrar Sardinops sagax (PSIRI: 3.95%) y la familia Haemulidae (PSIRI: 5.41%) con una importancia significativa. Según el índice de Levin (0.22) y la gráfica de Amundsen, G. marmorata se especializo en diferentes presas de Teleostei. Por último, el nivel trófico fue de 3.98 determinado como un depredador secundario. La obtención de estos datos fue importante para entender las posibles dinámicas de alimentación que presenta G. marmorata en la zona costera y su interacción como depredador secundario en la costa occidental del Golfo de California, aportando al conocimiento de su biología y permitiendo que se pueda genera en un futuro buen manejo del recurso pesquero.
Análisis de la Movilidad del Transposón Tn6454 en Klebsiella pneumoniae
(2022) Rodríguez Torres, Mariana Alejandra; Escobar Pérez, Javier Antonio; Abril Riaño, Deisy Julieth; Rodríguez Torres, Mariana Alejandra [0000-0002-4480-3898]
Klebsiella pneumoniae es una bacteria Gram negativa de importancia médica, debido a su capacidad de generar diferentes infecciones en el humano dentro o fuera de ambientes hospitalarios. Además, esta bacteria también tiene la capacidad de ser resistente a un elevado número de antibióticos, como los carbapenémicos, antibióticos de última línea empleados para el tratamiento de infecciones complejas hospitalarias. Para el 2012 en Colombia se reporta un elevado incremento en aislamientos de K. pneumoniae en UCI, generando un 15% de los casos infección, con un incremento del 7% en la resistencia a carbapenémicos. El mecanismo de resistencia a carbapenémicos de Klebsiella pneumoniae es la producción de la enzima KPC, la cual es codificada por el gen blaKPC. Este gen ha presentado una alta propagación debido principalmente a su movilización por diferentes isoformas del transposón Tn4401, un elemento genético que se ha movilizado en varios plásmidos de esta bacteria. En 2021 el Laboratorio de Genética Molecular Bacteriana identificó al transposón Tn6454, un nuevo elemento no relacionado con el Tn4401 (NTEKPC-IIe), el cual también albergaba el gen blaKPC, con un tamaño de 6.648pb, dentro de un plásmido IncN de 15.947pb (p33Kpn12-KPC) en la cepa 33Kpn12 de K. pneumoniae. Teniendo en cuenta el impacto clínico que tiene esta nueva plataforma genética, el objetivo de este proyecto fue analizar la movilización del transposón Tn6454 en el aislamiento 33Kpn12 de Klebsiella pneumoniae. Para cumplir con este objetivo se plantearon dos estrategias metodológicas diferentes, la primera se basó en el método de conjugación en medio líquido donde la cepa donadora fue la 33Kpn12 de K. pneumoniae y la cepa receptora fue E.coli J53; la segunda estrategia se basó en el método de conjugación en medio sólido, donde la cepa donadora fue E.coli K12 transformada y la receptora fue E.coli J53. Finalmente, se obtuvo una población bacteriana resistente a Trimetoprim-sulfametoxazol, Meropenem y Azida de Sodio, sugiriendo la posible movilización de los plásmidos, que albergan los genes de resistencia a cada uno de estos antibióticos. Para la confirmación de la movilización de Tn6454, se realizaron pruebas moleculares mediante la técnica de PCR convencional, identificando la presencia de Tn6454 dentro de una población bacteriana, en un ambiente genómico diferente al descrito en el plásmido p33Kpn12-KPC, lo que sugiere que el transposón se movilizó de manera independiente.
Análisis de la variación genética en muestras de exomas asociadas a patologías en pacientes colombianos de la IPS Biotecgen S.A.S.
(2022) Redondo Aguilar, Allison Daian; Mahecha López, Daniel Hernán
La secuenciación de exomas humanos alrededor del mundo ha permitido establecer patrones de variación genética a escala global útiles para brindar una interpretación clínica de variantes. Sin embargo, las bases de datos públicas disponibles, actualmente no reflejan adecuadamente las frecuencias alélicas de poblaciones como la colombiana lo cual se convierte en una limitante importante a la hora de brindar una interpretación clínica de variantes apropiada al contexto específico de diagnóstico genético del país. Por este motivo, se propuso la identificación, la determinación de las frecuencias alélicas y el posterior análisis de variantes de 632 muestras de WES de Biotecgen S.A.S. mediante un flujo de trabajo de control de calidad, alineamiento y llamado de variantes. Se identificaron 1 881 670 SNVs bialélicos y 260 006 Indels . El conjunto presentó una mayor proporción de variantes raras (MAF<0,01). El 88% de las variantes fueron SNVs. Los Indel estuvieron mayormente representados (63%) por deleciones con un tamaño menor a 6 bases. En la clasificación por consecuencia funcional la mayor proporción estuvo representada por missense (55.4%), seguida de sinónimas (43.7%) y nonsense (0.9%). La mayor proporción de loci se encontró en equilibrio de Hardy-Weinberg (p>0.05). Finalmente, las frecuencias alélicas integradas a VarSeq se encuentran actualmente disponibles para los analistas de datos ómicos de Biotecgen S.A.S. proporcionando información relevante para la interpretación clínica de variantes y siendo potencialmente valiosas para futuros estudios de ascendencia genética y estructura poblacional en la cohorte de pacientes colombianos de Biotecgen S.A.S.
Análisis de las malformaciones del embrión de trucha oncorhynchus mykiss (walbaum, 1792) en condiciones de laboratorio bajo los efectos de dosis sub letales de carbofurano (2,2-dimethyl-2,3-dihydro-1-benzofuran-7-yl methylcarbamate)
(2017) Camargo Buitrago, Juan David; Santafé Millán, Clara Eswanhill; Guevara Rozo, Edilma
El carbofurán (C12H15NO3) es un pesticida perteneciente a la familia de los carbamatos, caracterizados por su alta toxicidad para animales y seres humanos por lo que la OMS lo cataloga en el grupo 1b. Se utiliza como insecticida, acaricida y nematicida de amplio espectro que actúa ingresando a los organismos por contacto, ingestión y en una menor medida por inhalación, en cualquiera de los casos inhibe la Acetilcolinesterasa “AChE”. La trucha arcoíris Oncorhynchus mykiss pertenece a la familia de los salmónidos caracterizados por presentar altos contenidos lipídicos, habitar en zonas climáticas frías y tener una amplia comercialización para consumo. En el presente trabajo se analizó el efecto de cuatro dosis sub letales de carbofurán (2.0 μg/L, 2.5 μg/L, 3.0 μg/L y 3.5 μg/L) y un tratamiento de control en ovas de O. mykiss en tres replicas, con el fin de identificar el grado de mortalidad y las malformaciones que se presentaban en la población, obteniendo como resultado una mortalidad del 81,6% y 2.840 casos de malformaciones denominadas: Oscurecimiento del saco vitelino (OS-V), Vitelo adicional (VA), Cifosis – Lordosis (CI-LO), Escoliosis (ES), Edema del saco vitelino (E-SV), constricción del saco vitelino (C-SV), Reducción del tamaño (RT), Decoloración (DE) y Edema pericárdico (EP). Finalmente se utilizó el índice de incidencia acumulada dando un resultado de 2,37 definiendo que todos los individuos presentaban al menos dos tipos de malformación de las 9 encontradas; el ANOVA con un P<0,05 determina que existieron diferencias entre las variables, mientras que la prueba de Tukey da a conocer que los tratamientos 2,0 ppm y 2,5 ppm fueron los que presentaron mayores diferencias.
Análisis de los mecanismos asociados a la estabilización y persistencia del plásmido tipo ColRNAI_blaKPC-2 del aislamiento clínico de Klebsiella pneumoniae 33Kpn12
(2021-12-06) Forero Hurtado, Daniela Paola; Corredor Rozo, Zayda Lorena; Abril Riaño, Deisy Julieth
Los aislamientos de Klebsiella pneumoniae productores de carbapenemasas tipo KPC (KPC-Kp) constituyen una de las enterobacterias con mayor relevancia clínica debido a su alto grado de resistencia frente a los carbapenémicos y sus limitadas líneas de tratamiento. En Colombia, la gran circulación de variante alélica blaKPC-2 en enterobacterias, se ha atribuido principalmente a procesos de transferencia horizontal de genes mediada por una variedad de plásmidos movilizables y conjugativos; por lo que el estudio de los mecanismos que favorecen la estabilidad y permanencia de estos plásmidos portadores del gen blaKPC-2 en aislamientos clínicos, resulta de gran interés para comprender su papel en la diseminación de la resistencia a antibióticos en el país. Recientemente en el Laboratorio de Genética Molecular Bacteriana identificó al nuevo transposón Tn6454 movilizando blaKPC-2 en el aislamiento clínico de Klebsiella pneumoniae 33Kpn12 (ST504), asociado a una estructura de ADN plasmídica de tipo ColRNAI. En el presente estudio se analizaron los mecanismos asociados a la estabilidad y persistencia de este plásmido tipo ColRNAI_blaKPC-2, con el fin de investigar los procesos que podrían promover el mantenimiento de este plásmido ahora con el Tn6454, y las características genéticas estructurales que pueden tener implicaciones en la diseminación de genes de resistencia. Se realizó una identificación in sílico de los elementos genéticos asociados a estabilidad mediante un análisis BLASTn y BLASTp en las bases de datos del NCBI, PlasmidFinder, Uniprot, TAFinder, entre otras. Estos análisis permitieron identificar regiones altamente conservadas implicadas en la estabilidad tales como (i) un sistema de regulación de número de copias mediado por un ARN antisentido, (ii) un sistema Toxina-Antitoxina tipo II, (iii) funciones de exclusión de membrana mediadas por proteínas de exclusión y (vi) un grupo de proteínas bacteriocinas involucradas en procesos de competencia. Adicionalmente, se realizó un ensayo de estabilidad mediante crecimientos seriales, en el que se evidenció que el plásmido tipo ColRNAI_blaKPC-2 es altamente estable en la cepa hospedadora durante 15 días en ausencia de antibiótico. Este trabajo constituye el primer reporte de estabilidad en este tipo de plásmidos ColRNAI y dada su relevancia clínica y epidemiológica, se sugiere que este plásmido puede ser un participante activo en la diseminación de blaKPC en K. pneumoniae.
Análisis de los sistemas y técnicas diagnósticas del sars-cov-2 : revisión temática
(2020) Muñoz Ortiz, Juana Camila; Bustamante Rodriguez, Silvia Lizzete; Aristizábal Gutiérrez, Fabio Ancizar
La enfermedad Covid 19 provocada por el virus SARS-COV-2 ha causado un gran impacto a nivel mundial. Su fácil trasmisión entre seres humanos ha logrado que esta enfermedad se catalogué como una pandemia, según lo declaró la OMS, el 11 de Marzo del presente año. Para hacer frente a este problema de salud publica es de vital importancia controlar la propagación del SARS-COV-2, es por ello que las pruebas diagnosticas se han convertido en una herramienta fundamental para la identificación de agentes trasmisores, permitiendo así reconocer el alcance del virus y su comportamiento a medida que trascurre el tiempo, siendo de gran apoyo para la toma de decisiones epidemiológicas. La relevancia de este tipo de pruebas, ha provocado una alta diversificación de las mismas, esto con el fin de buscar una mayor especificidad y sensibilidad para la detección de este virus. Actualmente se han encontrado un total de 220 test, divididos en moleculares y serológicos, que permiten identificar este virus por medio de diferentes sistemas clasificados en material genético, antígenos y anticuerpos. A causa de la alta variabilidad de las pruebas y los sistemas, es relevante conocer una evaluación mas aproximada de las mismas, esto con el fin de poder tomar decisiones más acertadas en el momento de aplicarlas de forma masiva. Por tal razón, el objetivo de revisión temática se enfoca en el análisis de pruebas y sistemas diagnósticas a partir de la identificación y comparación de las mismas a raíz de criterios de evaluación como porcentaje de detección, falsos negativos que otorgan sensibilidad a la prueba y tiempo diagnóstico que otorga eficacia. Para ello se llevó cabo una búsqueda rigurosa en cuatro bases de datos (bioRxiv, MedRxiv, NCBI, Nature) a partir de palabras claves y operadores lógicos, con el fin de una mayor especificación, arrojando un total de 344 artículos que fueron filtrados por medio de criterios de inclusión y exclusión, incorporando finalmente 28 artículos que permitieron identificar 21 pruebas y 13 sistemas donde 9 test y 4 estructuras especificas de identificación que no se encontraron en otras revisiones o informes técnicos que constan de esta información de interés. De igual manera se evidenció limitantes encontradas entre los sistemas y diferencias significativas entre pruebas serológicas y moleculares respecto a los criterios de especificidad mostrados por los autores de los artículos incluidos.
Aportes al conocimiento de los mamíferos de porte mediano y grande en remanentes de bosque de cinco municipios de Cundinamarca
(2021-12-10) Zamora Venegas, Laura Tatiana; Vélez, Felipe
Colombia se sitúa como el sexto país a nivel global en diversidad de mamíferos con 543 especies (Ramírez et al., 2021), de las cuales se reportan 236 pertenecientes a 12 órdenes, 39 familias y 138 géneros para Cundinamarca (Pérez et al., 2021). En este departamento la contaminación, fragmentación y degradación de los ecosistemas lo han convertido en una región de atención para el desarrollo de acciones frente a los diferentes motores de transformación (Amaya & Armenteras, 2012). Por esta razón, el objetivo de este proyecto fue evaluar la estructura y composición del ensamblaje de mamíferos de porte mediano y grande en remanentes de bosque de los municipios de Yacopí, Puerto Salgar, Caparrapí, Guaduas y La Palma. Para ello, se utilizó una metodología de fototrampeo, el cálculo de abundancia relativa y la aplicación de tres índices correspondientes al número efectivo de especies. Se obtuvieron 49.961 eventos y 1903 registros para 21 especies de mamíferos de porte mediano y grande. Las especies más abundantes fueron D. marsupialis en Caparrapí (62.45%) y D. punctata en La Palma (42.13%), dejando a P. onca en Yacopí (0.47%), Cabassous sp. en Puerto Salgar (0.22 %) y Aotus sp. en Guaduas (0.34) con los valores más bajos. Los coeficientes del número efectivo de especies señalaron valores de riqueza de especies correspondientes a (q=0) en Yacopí (15), Puerto Salgar (14), Caparrapí, Guaduas y La Palma (12), seguido del correspondiente a las especies comunes (q=2) Yacopí (7.87), Guaduas (7.06), La Palma (4.36), Puerto Salgar (4.24) y Caparrapí (3.86) y valores bajos de dominancia (q=1) en Guaduas (5.73), Yacopí (5.49), La Palma (3.40) y Puerto Salgar (2.47). Los análisis de composición y estructura arrojaron que Guaduas, La Palma y Caparrapí, con relictos correspondientes al BST, la abundancia de ciertas especies generalistas (D. marsupialis y D. punctata) pueden ser el reflejo de la presencia de presiones antrópicas. Con base en esta información, este estudio se constituye como un aporte base para la generación de información destinada a desarrollo de estrategias, planes de manejo y conservación que contribuyan al cuidado y mantenimiento de la biodiversidad en Cundinamarca.
Bacterias endófitas promotoras del crecimiento vegetal presentes en las semillas de espeletia grandiflora y la relación con sus dispersores biológicos
(2020) Guzmán Cárdenas, Ana María; Hernández, Juan Pablo
El género Espeletia, pertenece a un grupo complejo de siete géneros que contienen alrededor de 73 especies, conocidas como frailejones, restringidas en los Andes noroccidentales, desde bosques nubosos, páramos secos y húmedos hasta hábitats periglaciales xéricos a elevaciones entre 2000 - 4600 m; es uno de los géneros con mayor representatividad y diversidad en los Páramo de Colombia, donde se encuentran 60 especies registradas. Dado que la investigación en microbiología ambiental con énfasis en la flor de dichas especies son escazas, es importante recalcar y potencializar las funciones ecológicas de la especie; parte significativa de lo anteriormente dicho, se logra y se debe a las especies de bacterias endófitas encontradas y posteriormente caracterizadas en las semillas de E. grandiflora; para cumplir con el objetivo se evaluó la germinación de semillas y parte del crecimiento, bajo el efecto de dichas bacterias, además, para generar una comparación en el rendimiento por los tratamiento en estos procesos de la planta. De la misma manera, el registro e identificación de los potenciales dispersores biológicos de E. grandiflora, provee datos útiles para la conservación in situ de estos animales y del ecosistema en conjunto. Adicionalmente, información importante acerca de la biología de las especies anteriormente identificadas, se puede considerar como un inicio y una aproximación considerable para generar estudios preliminares para futuros proyectos en temas de restauración de los ecosistemas de páramos intervenidos y aplicación y buen manejo de áreas protegidas en zonas estratégicas de Colombia.
Bases biológicas, sociales y comerciales para el fortalecimiento de la cadena de valor de la semilla de Dipteryx punctata (S.F Blake) amshoff (fabaceae) en el municipio de Orocué, Casanare, Colombia
(2017) Parra Martínez, Zara Patricia; Santafé Millán, Clara Eswanhill; Palacios-Ortega, Edgar Alfonso; Palacios-Ortega, Edgar Alfonso [0000-0003-3349-824X]
Esta investigación busca ofrecer bases biológicas, sociales y comerciales para el fortalecimiento de la cadena de valor de la semilla de D. punctata en el municipio de Orocué, Casanare. El estudio consideró un inventario de la especie en la zona, un análisis fitoquímico de la semilla, un experimento de su efecto inhibitorio en la germinación de maíz porva, una indagación de la etnobotánica de la especie y una revisión del valor comercial de la semilla. El estudio arrojó que los metabolitos secundarios mayoritarios de la semilla de Dipteryx punctata son los flavonoides, taninos y cumarinas; componentes que tienen propiedades con un alto valor comercial en diferentes industrias. También que el extracto de la semilla presenta capacidad inhibitoria para la germinación de maíz porva. Finalmente, concluye que existe una alta población de la especie y una demanda importante para su semilla, pero no hay una articulación de su cadena de valor en el municipio de Orocué, Casanare.
Biología reproductiva del tiburon piloto (Carcharhinus falciformis) en Punta Lobos, Baja California Sur, México
(2021-12-06) Castro-Agudelo, María José; Galván Magaña, Felipe
El tiburón piloto (Carcharhinus falciformis) vive en aguas oceánicas cerca de la superficie, aunque en ocasiones alcanza los 500 metros. En el océano Pacífico parecen migrar a latitudes ligeramente mayores en verano. Generalmente para su captura se usan redes de superficie y palangres; su pesca se realiza en toda su zona de distribución y a menudo son objeto de capturas incidentales en las pesquerías pelágicas dado que tienden a unirse a bancos de peces como el atún. A pesar de ser una de las especies más explotadas por sus aletas y carne, la información publicada acerca de su biología reproductiva es poca. Para analizar los aspectos reproductivos del tiburón piloto en Punta Lobos, BCS, México fueron colectados 201 individuos en los años 2011 a 2017. La longitud de las 110 hembras fue entre 132 a 240 cm, mientras que para los 91 machos fueron de 94 a 268 cm. La proporción sexual fue de 1.21H: 1M. La talla media de madurez sexual (L50) de hembras y grávidas no pudo ser efectuado dado que solo se contó con una hembra inmadura, contrario los machos donde se reporta una L50 de 171 cm.

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