Examinando por Autor "Rios, Rafael"
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Ítem A prospective cohort multicenter study of molecular epidemiology and phylogenomics of Staphylococcus aureus bacteremia in nine Latin American countries(American Society for Microbiology) Arias, Cesar A.; Reyes, Jinnethe; Carvajal Ortiz, Lina Paola; Rincon Núñez, Sandra; Diaz, Lorena; Panesso, Diana; Ibarra, Gabriel; Rios, Rafael; Munita, Jose M.; Alvarez-Moreno, Carlos; Labarca, Jaime; Garcia, Coralith; Luna, Carlos M.; Mejia-Villatoro, Carlos; Zurita, Jeannete; Guzman-Blanco, Manuel; Rodriguez-Noriega, Eduardo; Narechania, Apurva; Rojas, Laura J.; Planet, Paul J.; Weinstock, George M.; Gotuzzo, Eduardo; Seas, Carlos; Panesso, Diana [0000-0002-4049-9702]; Rincon Núñez, Sandra [0000-0002-8482-4554]; Carvajal Ortiz, Lina Paola [0000-0001-8301-8836]Ítem A Test for the Rapid Detection of the Cefazolin Inoculum Effect in Methicillin-Susceptible Staphylococcus aureus(American Society for Microbiology, 2021) Rincon, Sandra; Carvajal, Lina P.; Gomez Villegas, Sara I.; Echeverri, Aura M.; Rios, Rafael; Dinh, An; Pedroza, Claudia; Ordoñez, Karen M.; Nannini, Esteban; Sun, Zhizeng; Fowler, Vance G.; Murray, Barbara E.; Miller, William R.; Palzkill, Timothy; Diaz, Lorena; Arias, Cesar A.; Reyes, Jinnethe; Palzkill, Timothy [0000-0002-5267-0001]; Reyes, Jinnethe [0000-0002-1722-0734]; Miller, William R. [0000-0002-1518-2973]El efecto inóculo de la cefazolina (CzIE) se ha asociado a fracasos terapéuticos y mortalidad en infecciones invasivas por Staphylococcus aureus sensible a la meticilina (MSSA). Actualmente no se dispone de una prueba diagnóstica para detectar el CzIE. Desarrollamos una prueba colorimétrica CzIE rápida (∼3 h) para detectar la actividad estafilocócica-β-lactamasa (BlaZ) en sobrenadantes tras la inducción con ampicilina. La prueba se validó utilizando 689 aislados de MSSA del torrente sanguíneo recuperados de Latinoamérica y Estados Unidos. Se utilizó como patrón de referencia la determinación de la CMI de cefazolina con un inóculo elevado (107 UFC/ml) (punto de corte ≥16 μg/ml). Todos los aislados se sometieron a secuenciación del genoma. Un total de 257 (37,3%) de los aislados de MSSA presentaron la CzIE por el método del estándar de referencia. La sensibilidad y especificidad globales de la prueba colorimétrica fueron del 82,5% y el 88,9%, respectivamente. La sensibilidad en los aislados de MSSA que albergaban BlaZ de tipo A (la enzima más eficaz contra la cefazolina) fue del 92,7%, con una especificidad del 87,8%. El rendimiento de la prueba fue inferior frente a las enzimas de tipo B y C (sensibilidades del 53,3% y el 72,3%, respectivamente). Cuando el valor de referencia se fijó en ≥32 μg/ml, la sensibilidad para los aislados portadores de enzimas de tipo A fue del 98,2%. La especificidad fue del 100% para el MSSA carente de blaZ. El valor predictivo negativo global osciló entre el 81,4% y el 95,6% en los países latinoamericanos utilizando las tasas de prevalencia publicadas de la CzIE. Los aislados de MSSA de los Estados Unidos eran genéticamente diversos, sin diferencias genómicas distintivas con respecto al MSSA latinoamericano, distribuidos entre 18 tipos de secuencia. Una nueva prueba puede identificar fácilmente la mayoría de los aislados de MSSA que presentan la CzIE, en particular los portadores del tipo A BlaZ. A diferencia de la determinación de la CMI utilizando un inóculo elevado, la prueba rápida es barata, factible y fácil de realizar. Tras unos pequeños pasos de validación, podría incorporarse al flujo de trabajo rutinario del laboratorio clínico.Ítem An analysis of the epidemic of klebsiella pneumoniae carbapenemase-producing k. pneumoniae: Convergence of two evolutionary mechanisms creates the "perfect storm"(Oxford University Press, 2018) Rojas, Laura J; Weinstock, George M; de la Cadena, Elsa; Diaz, Lorena; Rios, Rafael; Hanson, Blake M; Brown, Joseph S; Vats, Purva; Phillips, Daniel S; Nguyen, Hoan; Hujer, Kristine M; Correa, Adriana; Adams, Mark D; Perez, Federico; Sodergren, Erica; Narechania, Apurva; Planet, Paul J; Villegas, María Virginia; Bonomo, Robert A; Arias, Cesar A.; de la Cadena, Elsa [0000-0003-0361-7893]; Villegas, María Virginia [0000-0003-1898-9067]Ítem Antimicrobial sensing coupled with cell membrane remodeling mediates antibiotic resistance and virulence in enterococcus faecalis(National Academy of Sciences, 2020) Khan, Ayesha; Davlieva, Milya; Panesso, Diana; Rincon Núñez, Sandra; Millera, William R.; Diaz, Lorena; Reyes, Jinnethe; Cruz, Melissa R.; Pemberton, Orville; Nguyen, April H.; Siegel, Sara D.; Planet, Paul J.; Narechania, Apurva; Latorre, Mauricio; Rios, Rafael; Singh, Kavindra V.; Ton-That, Hung; Garsin, Danielle A.; Tran, Truc T.; Shamoo, Yousif; Arias, Cesar A; Panesso, Diana [0000-0002-4049-9702]; Rincon Núñez, Sandra [0000-0002-8482-4554]Ítem Case report: gestational melioidosis through perinatal transmission(American Society of Tropical Medicine and Hygiene, 2020) Rodriguez , Jose Yesid; Huertas Valero, Mónica Gabriela; Rodríguez Quintero, Gerson Jose; Vargas-Otalora, Sandra; Benítez-Peñuela, Miguel Ángel; Esquea, Kelin; Rios, Rafael; Mendoza, Laura R.; Diaz, Lorena; Reyes, Jinnethe; Álvarez Moreno, Carlos A.Ítem Ceftaroline-resistant, daptomycin-tolerant, and heterogeneous vancomycin-intermediate methicillin-resistant Staphylococcus aureus causing infective endocarditis(American Society for Microbiology, 2017) Nigo, Masayuki; Diaz, Lorena; Carvajal Ortiz, Lina Paola; Tran, Truc T.; Rios, Rafael; panesso, diana; Garavito, Juan D.; Miller, William R.; Wanger, Audrey R.; Weinstock, George; Munita, Jose M.; Arias, César A.; Chambers, Henry; Panesso, Diana [0000-0002-4049-9702]; Carvajal Ortiz, Lina Paola [0000-0001-8301-8836]Ítem Circulating miR-141-3p, miR-143-3p and miR-200c-3p are differentially expressed in colorectal cancer and advanced adenomas(Spandidos Publications UK, 2019) Ardila, Héctor Javier; Sanabria Salas, Maria Carolina; Meneses Gil, Maria Ximena; Rios, Rafael; Huertas Salgado, Antonio; Serrano, Martha LuciaÍtem Clinical characteristics, microbiology and outcomes of a cohort of patients treated with ceftolozane/tazobactam in acute care inpatient facilities, Houston, Texas, USA(Oxford University Press, 2023) Tran, Truc T.; Cabrera, Nicolo L.; Gonzales Luna, Anne J.; Carlson, Travis J.; Alnezary, Faris; Miller, William R.; Sakurai, Aki; Dinh, An Q.; Rydell, Kirsten; Rios, Rafael; Diaz, Lorena; Hanson, Blake M.; Munita, Jose M.; Pedroza, Claudia; Shelburne, Samuel A.; Aitken, Samuel L.; Garey, Kevin W.; Dillon, Ryan; Puzniak, Laura; Arias, Cesar A.; Gonzales Luna, Anne [0000-0003-1906-359X]; Carlson, Travis J. [0000-0001-9564-3030]; Miller, William R. [0000-0002-1518-2973]; Hanson, Blake M. [0000-0003-2949-7818]; Shelburne, Samuel A. [0000-0001-9721-263X]; Aitken, Samuel L. [0000-0002-8659-4238]; Garey, Kevin W. [0000-0003-2063-7503]Antecedentes Ceftolozane/tazobactam es una combinación de β-lactámico/β-inhibidor de lactamasa con actividad contra una variedad de bacterias Gram-negativas, incluyendo Pseudomonas aeruginosa MDR. Este agente está aprobado para la neumonía bacteriana adquirida en el hospital y asociada a la ventilación mecánica. Sin embargo, la mayoría de los datos de resultados en el mundo real proceden de pequeñas cohortes observacionales. Por lo tanto, se trató de evaluar la utilización de ceftolozane/tazobactam en múltiples hospitales terciarios en Houston, TX, EE.UU.. Métodos Realizamos un estudio retrospectivo multicéntrico de pacientes que recibieron al menos 48 h de terapia con ceftolozano/tazobactam desde enero de 2016 hasta septiembre de 2019 en dos sistemas hospitalarios en Houston. Se recopilaron datos demográficos, clínicos y microbiológicos, incluido el aislado bacteriano infectante, cuando estaba disponible. El resultado primario fue el éxito clínico compuesto al alta hospitalaria. Los resultados secundarios incluyeron la mortalidad intrahospitalaria y la disposición clínica a los 14 y 30 días después del inicio de ceftolozane/tazobactam. Se utilizó un análisis de regresión logística multivariable para identificar los factores predictivos del resultado primario y la mortalidad. Los aislados recuperados se sometieron a pruebas de sensibilidad a ceftolozano/tazobactam y a WGS. Resultados Se incluyó a un total de 263 pacientes, y se alcanzó el éxito clínico compuesto en 185 pacientes (70,3%). La gravedad de la enfermedad fue el factor predictivo más consistente del éxito clínico. El tratamiento combinado con ceftolozane/tazobactam y otro agente Gram negativo activo se asoció a una reducción de las probabilidades de éxito clínico (OR 0,32; IC del 95%: 0,16-0,63). Se observó resistencia a ceftolozano/tazobactam en el 15,4% de los aislados disponibles para WGS; las mutaciones en ampC y ftsI fueron frecuentes pero no se agruparon con una ST concreta. Conclusiones La tasa de éxito clínico entre esta cohorte de pacientes tratados con ceftolozane/tazobactam fue similar en comparación con experiencias anteriores. Ceftolozane/tazobactam sigue siendo un agente alternativo para el tratamiento de aislados susceptibles de P. aeruginosaÍtem Clonal emergence of invasive multidrug-resistant staphylococcus epidermidis deconvoluted via a combination of whole-genome sequencing and microbiome analyses(Oxford University Press, 2018) Li, Xiqi; Arias, Cesar A.; Aitken, Samuel L.; Galloway Peña, Jessica; Panesso, Diana; Chang, Michael; Diaz, Lorena; Rios, Rafael; Numan, Yazan; Ghaoui, Sammi; DebRoy, Sruti; Bhatti, Micah M.; Simmons, Dawn E.; Raad, Isaam; Hachem, Ray; Folan, Stephanie A.; Sahasarabhojane, Pranoti; Kalia, Awdhesh; Shelburne, Samuel A.; Panesso, Diana [0000-0002-4049-9702]Ítem Detection of heterogeneous vancomycin intermediate resistance in MRSA isolates from Latin America(Oxford University Press, 2020) Castro, Betsy Esperanza; Berrío, Maritza; Vargas, Monica L.; Carvajal Ortiz, Lina Paola; Millan, Lina V.; Rios, Rafael; Hernandez, Angie K.; Rincon Núñez, Sandra; Cubides, Paola; Forero, Erika; Dinh, An Q; Seas, Carlos; Munita, Jose M.; Arias, César A.; Reyes, Jinnethe; Diaz, Lorena; Rincon Núñez, Sandra [0000-0002-8482-4554]; Carvajal Ortiz, Lina Paola [0000-0001-8301-8836]Ítem Disrupting membrane adaptation restores in vivo efficacy of antibiotics against multidrug-resistant enterococci and potentiates killing by human neutrophils(Oxford University Press, 2019) Rincon Núñez, Sandra; Panesso, Diana; Miller, William R; Singh, Kavindra V; Cruz, Melissa R; Khan, Ayesha; Dinh, An Q; Diaz, Lorena; Rios, Rafael; Shamoo, Yousif; Reyes, Jinnethe; Tran, Truc T; Garsin, Danielle A; Arias, Cesar A; Panesso, Diana [0000-0002-4049-9702]; Rincon Núñez, Sandra [0000-0002-8482-4554]Ítem Dynamics of blaKPC-2 dissemination from non-CG258 Klebsiella pneumoniae to other Enterobacterales via IncN plasmids in an area of high endemicity(American Society for Microbiology, 2020) Rada, Ana M; de la Cadena, Elsa; Agudelo Restrepo, Carlos Andrés; Capataz, Cesar; Orozco, Nataly; Pallares, Christian José; Dinh, An Q; panesso, diana; Rios, Rafael; Diaz, Lorena; Feltrin Correa, Adriana Aparecida; Hanson, Blake M; Villegas, María Virginia; Arias, César A.; Restrepo, Eliana; Panesso, Diana [0000-0002-4049-9702]; de la Cadena, Elsa [0000-0003-0361-7893]; Pallares, Christian José [0000-0002-6093-7845]; Villegas, María Virginia [0000-0003-1898-9067]Ítem Extensively drug-resistant pseudomonas aeruginosa ST309 harboring tandem Guiana extended spectrum β-lactamase enzymes: a newly emerging threat in the united states(Oxford University Press, 2019) Tran, Truc T.; Rios, Rafael; Hanson, Blake; Shropshire, William C.; Sun, Zhizeng; Diaz, Lorena; Dinh, An Q.; Wanger, Audrey; Ostrosky-Zeichner, Luis; Palzkill, Timothy; Arias, Cesar A.; Miller, William R.Ítem Genomic epidemiology of vancomycin-resistant enterococcus faecium (VREfm) in Latin America: revisiting the global VRE population structure(Springer Nature, 2020) Rios, Rafael; Reyes, Jinnethe; Carvajal Ortiz, Lina Paola; Rincon Núñez, Sandra; panesso, diana; Dinh, An Q.; Kolokotronis, Sergios-Orestis; Narechania, Apurva; Tran, Truc T.; Munita, Jose M.; Murray, Barbara E; Planet, Paul J.; Arias, Cesar A.; Diaz, Lorena; Panesso, Diana [0000-0002-4049-9702]; Rincon Núñez, Sandra [0000-0002-8482-4554]; Carvajal Ortiz, Lina Paola [0000-0001-8301-8836]Ítem Global spread of the community-associated methicillin-resistant staphylococcus aureus USA300 latin american variant(Oxford University Press) Planet, Paul J.; Diaz, Lorena; Rios, Rafael; Arias, Cesar A.Ítem In vivo resistance to ceftolozane/tazobactam in pseudomonas aeruginosa arising by ampc- and non-ampc-mediated pathways(Hindawi, 2018) Skoglund, Erik; Abodakpi, Henrietta; Rios, Rafael; Diaz, Lorena; de la Cadena, Elsa; Dinh, An Q; Ardila, Javier; Miller, William R.; Munita, Jose M.; Arias, Cesar A.; Tam, Vincent H.; Tran, Truc T.; de la Cadena, Elsa [0000-0003-0361-7893]Se aislaron dos pares de P. aeruginosa sensible/resistente a ceftolozano/tazobactam de 2 pacientes después de la exposición a β-lactámicos. Se evaluó la base genética de la resistencia a ceftolozano/tazobactam y se evaluaron los mecanismos de resistencia a los β-lactámicos mediante ensayos fenotípicos. La secuenciación del genoma completo identificó mutaciones en AmpC, incluida la mutación (V213A) y una eliminación de 7 aminoácidos (P210–G216) en el bucle Ω. Los ensayos fenotípicos mostraron que la resistencia a ceftolozano/tazobactam en la cepa con la variante AmpCV213A se asoció con una mayor actividad de hidrólisis de β-lactamasa. Por otro lado, la eliminación de 7 aminoácidos en el bucle Ω de AmpC no mostró una actividad de β-lactamasa mejorada. La resistencia a ceftolozano/tazobactam en P. aeruginosa se asocia con cambios en AmpC; sin embargo, la aparente pérdida de actividad de β-lactamasa en AmpC∆7 sugiere que los mecanismos distintos de AmpC podrían desempeñar un papel importante en la resistencia a las combinaciones de β-lactámicos/inhibidores de β-lactamasas.Ítem LiaR‐independent pathways to daptomycin resistance in enterococcus faecalis reveal a multilayer defense against cell envelope antibiotics(Wiley, 2019) Miller, William R.; Tran, Truc T.; Diaz, Lorena; Rios, Rafael; Khan, Ayesha; Reyes, Jinnethe; Prater, Amy G.; Panesso, Diana; Shamoo, Yousif; Arias, Cesar A.; Panesso, Diana [0000-0002-4049-9702]Ítem Linezolid-and vancomycin-resistant enterococcus faecium in solid organ transplant recipients: Infection control and antimicrobial stewardship using whole genome sequencing(Oxford University Press, 2019) Abbo, Lilian; Shukla, Bhavarth S.; Giles, Amber; Aragon, Laura; Jimenez, Adriana; Camargo, Jose F.; Simkins, Jacques; Sposato, Kathleen; Tran, Truc T.; Diaz, Lorena; Reyes, Jinnethe; Rios, Rafael; Carvajal Ortiz, Lina Paola; Cardozo, Javier; Ruiz, Maribel; Rosello, Gemma; Perez Cardona, Armando; Martinez, Octavio; Guerra, Giselle; Beduschi, Thiago; Vianna, Rodrigo; Arias, Cesar A.; Carvajal Ortiz, Lina Paola [0000-0001-8301-8836]Ítem Novel insights into the classification of staphylococcal β-lactamases in relation to the cefazolin inoculum effect(American Society for Microbiology, 2020) Carvajal Ortiz, Lina Paola; Rincon Núñez, Sandra; Echeverri Medina, Aura María; PORRAS GUZMAN, JESSICA; Rios, Rafael; Ordóñez, Karen Melissa; Seas, Carlos; Gomez-Villegas, Sara Isabel; Diaz, Lorena; Arias, Cesar A; Reyes, Jinnethe; Rincon Núñez, Sandra [0000-0002-8482-4554]; Carvajal Ortiz, Lina Paola [0000-0001-8301-8836]