Examinando por Autor "Corredor Rozo, Zayda Lorena"
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Ítem Análisis de los mecanismos asociados a la estabilización y persistencia del plásmido tipo ColRNAI_blaKPC-2 del aislamiento clínico de Klebsiella pneumoniae 33Kpn12(2021-12-06) Forero Hurtado, Daniela Paola; Corredor Rozo, Zayda Lorena; Abril Riaño, Deisy JuliethLos aislamientos de Klebsiella pneumoniae productores de carbapenemasas tipo KPC (KPC-Kp) constituyen una de las enterobacterias con mayor relevancia clínica debido a su alto grado de resistencia frente a los carbapenémicos y sus limitadas líneas de tratamiento. En Colombia, la gran circulación de variante alélica blaKPC-2 en enterobacterias, se ha atribuido principalmente a procesos de transferencia horizontal de genes mediada por una variedad de plásmidos movilizables y conjugativos; por lo que el estudio de los mecanismos que favorecen la estabilidad y permanencia de estos plásmidos portadores del gen blaKPC-2 en aislamientos clínicos, resulta de gran interés para comprender su papel en la diseminación de la resistencia a antibióticos en el país. Recientemente en el Laboratorio de Genética Molecular Bacteriana identificó al nuevo transposón Tn6454 movilizando blaKPC-2 en el aislamiento clínico de Klebsiella pneumoniae 33Kpn12 (ST504), asociado a una estructura de ADN plasmídica de tipo ColRNAI. En el presente estudio se analizaron los mecanismos asociados a la estabilidad y persistencia de este plásmido tipo ColRNAI_blaKPC-2, con el fin de investigar los procesos que podrían promover el mantenimiento de este plásmido ahora con el Tn6454, y las características genéticas estructurales que pueden tener implicaciones en la diseminación de genes de resistencia. Se realizó una identificación in sílico de los elementos genéticos asociados a estabilidad mediante un análisis BLASTn y BLASTp en las bases de datos del NCBI, PlasmidFinder, Uniprot, TAFinder, entre otras. Estos análisis permitieron identificar regiones altamente conservadas implicadas en la estabilidad tales como (i) un sistema de regulación de número de copias mediado por un ARN antisentido, (ii) un sistema Toxina-Antitoxina tipo II, (iii) funciones de exclusión de membrana mediadas por proteínas de exclusión y (vi) un grupo de proteínas bacteriocinas involucradas en procesos de competencia. Adicionalmente, se realizó un ensayo de estabilidad mediante crecimientos seriales, en el que se evidenció que el plásmido tipo ColRNAI_blaKPC-2 es altamente estable en la cepa hospedadora durante 15 días en ausencia de antibiótico. Este trabajo constituye el primer reporte de estabilidad en este tipo de plásmidos ColRNAI y dada su relevancia clínica y epidemiológica, se sugiere que este plásmido puede ser un participante activo en la diseminación de blaKPC en K. pneumoniae.Ítem Bacteremia by colistin-resistant acinetobacter baumannii isolate: a case report(BioMed central, 2019) Robayo Amortegui, Henry; Corredor Rozo, Zayda Lorena; Carrasco Márquez, Adriana Marcela; Escobar-Pérez, Javier; García Casallas, Julio César; Escobar-Pérez, Javier [0000-0002-0432-6978]Ítem Determinación in vitro de la participación de la proteína hipotética SAUSA300_0063 en la activación del operón arc presente en el elemento móvil para el catabolismo de la arginina (ACME) en el clon pandémico USA300(2021) Corredor Rozo, Zayda Lorena; Escobar-Pérez, Javier; Márquez Ortiz, Ricaurte Alejandro; Escobar-Pérez, Javier [0000-0002-0432-6978]En las últimas dos décadas se ha reportado la emergencia y rápida diseminación del Staphylococcus aureus resistente a meticilina clon USA300 con una amplia distribución y patogenicidad, causando al ser humano infecciones no solo en el hospital sino en la comunidad. El elemento genético móvil para el catabolismo de la arginina (ACME) fue identificado exclusivamente en este clon y dentro de este elemento se encuentra un operón arc que tiene la misma función catabólica de ACME suministrando ATP en condiciones anaerobias y que en ambientes ácidos aumenta el pH del medio favoreciendo la capacidad para colonizar. Estudios previos en nuestro laboratorio mostraron que una sobreexpresión del operón arcACME en el clon USA300 es dada posiblemente por el gen sausa300_0063 inserto dentro de este operón que codifica para un regulador transcripcional. Determinar la participación de la proteína hipotética SAUSA300_0063 en la activación del operón arc presente en ACME en el clon pandémico USA300. Mediante el sistema de expresión pET303/CT-His en BL21 (DE3) se produjo la proteína recombinante SAUSA300_0063 del operón arcACME la cual se purificó mediante electroelución. Se determinó la unión in vitro de la proteína recombinante SAUSA300_0063 a la secuencia promotora del operón arcACME mediante ensayos de retardamiento en gel y por PCR en tiempo real se analizó la transcripción relativa de los genes sausa300_0063, arcCACME, arcCcons y arcR en condiciones de anaerobiosis en presencia o ausencia de arginina. La evidencia experimental mostró que la proteína SAUSA300_0063 establece su unión en el promotor del operón arcACME sugiriendo una aproximación acerca de su función como regulador transcripcional perteneciente a la familia de proteínas CRP/FNR. Adicionalmente se observó una relación directa en el aumento de la transcripción de los genes sausa300_0063 y arcC del operón arcACME indicando la posible participación de la proteína SAUSA300_0063 en la autoactivación del operón arcACME, dada a esta nueva estructura del operón facilitando su regulación. La proteína SAUSA300_0063 participa en la activación del operón arcACME a través de la unión a su región promotora y esta activación es mayor que la encontrada en el operón arc constitutivo. Estos resultados sugieren que el cambio estructural encontrado en el operón arcACME facilita la participación de la proteína SAUSA300_0063 en la auto-activación de este operón ya que dada a esta nueva estructura se podría regular en modo cis considerándose un sistema altamente ventajoso.Ítem Emergence and spread of a new community-genotype methicillin-resistant Staphylococcus aureus clone in Colombia(Biomed Central, 2017) Reyes, Niradiz; Rebollo, Juan; Pinzón, Hernando; Tovar, Catalina; Moreno-Castañeda, Jaime; Corredor Rozo, Zayda Lorena; Moncada, Maria Victoria; Vanegas, Natasha; Castro Cardozo, Betsy Esperanza; Escobar-Pérez, Javier; Marquez-Ortiz, Ricaurte Alejandro; Escobar-Pérez, Javier [0000-0002-0432-6978]Ítem Estudio descriptivo de una muestra de pacientes con esquizofrenia residentes en el departamento de Boyacá, Colombia(Universidad de Antioquia, 2013) Corredor Rozo, Zayda Lorena; Sánchez Espinosa, Mayely Paola; Rondón Lagos, Sandra Milena; Páez Rojas, Paola Liliana; Cortés Duque, Carolina; Forero Castro, Ruth MaribelÍtem Evaluación del comportamiento de la actividad enzimática de la carbapenemasa KPC en aislamientos de Pseudomonas aeruginosa por medio de cromatografía líquida de alta resolución (HPLC)(2023) Duque Poveda, Zulybeth Andrea; Escobar Peréz, Javier Antonio; Corredor Rozo, Zayda LorenaPseudomonas aeruginosa es una bacteria Gram negativa, no fermentadora de la lactosa, aerobio de tipo facultativo (1). Es bastante persistente en el ambiente, puede llegar a adaptarse de manera eficaz en el agua y en el suelo, viviendo con requerimientos nutricionales mínimos y tolerando diversas condiciones físicas. Es considerada un patógeno oportunista, generando infecciones en los humanos que si no son tratadas a tiempo pueden ser mortales, con resistencia natural a varias familias de antibióticos y una extraordinaria capacidad de generar y adquirir diversos mecanismos de resistencia, entre ellos las carbapenemasas, enzimas con actividad para degradar los antibióticos carbapenémicos (pertenecientes a los β-lactámicos) usados como último recurso frente a la “multirresistencia extrema” de las bacterias. En Colombia fue reportado por primera vez un aislamiento de P. aeruginosa portadora de la enzima KPC (2) (EC 3.5.2.6) (3) una potente carbapenemasa capaz de hidrolizar los carbapenémicos y la mayoría de los antibióticos β-lactámicos. Actualmente, esta enzima es la más frecuente en aislamientos resistentes a los carbapenémicos, lo cual podría sugerir su eficiente capacidad de hidrólisis. Por tal razón, el objetivo de este proyecto es evaluar el comportamiento de la actividad enzimática de KPC en el proceso de hidrólisis de antibióticos carbapenémicos en aislamientos clínicos de Pseudomonas aeruginosa por medio de cromatografía líquida de alta resolución (HPLC). Las muestras fueron facilitadas y/o recuperadas de instituciones de salud colombianas, estos aislamientos (24Pae112, 34Pae8, 34Pae23, 34Pae36, 30Pae2) fueron sometidos a pruebas de confirmación de especie y de presencia del gen que codifica para KPC por medio de técnicas moleculares como PCR. Posteriormente, por medio del espectrofotómetro, se evaluó la capacidad de hidrólisis de cada uno de los aislamientos; para esto, se realizaron ensayos de reacción enzimática con 30 µg/mL de MER ™ y 9x10^8 UFC de bacteria total a 37°C y después de 10 minutos de reacción hubo una reducción gradual del sustrato en orden cero, en un rango del 20%-50% con diferencias estadísticas significativas (P<0,05) entre cada uno de los aislamientos. A su vez, se evaluó este comportamiento con extracto proteico en espectrofotómetro y se evidenció que después de 18 minutos de reacción a temperatura ambiente, con 30 µg/mL de MER ™ y 2 mg de proteína, hubo una degradación gradual del sustrato en orden cero, en un rango del 77%-98%. Teniendo en cuenta lo obtenido previamente, y entendiendo que la técnica de cromatografía permite cuantificar a un límite de detección bajo (en el orden de µg), se realizó la medición en el equipo HPLC partiendo de 80 µg/mL de M2574-50mg y 2 mg de proteína, obteniéndose una reducción del 51%-99% del sustrato inicial; en ambos equipos se presentaron diferencias estadísticas significativas (P<0,05) entre cada uno de los aislamientos. De acuerdo con los resultados obtenidos, se concluye que los aislamientos evaluados presentaron una notable capacidad de hidrólisis del sustrato y que los ensayos tanto con bacterias totales como con extracto proteico revelaron reducciones significativas en orden cero, con un rango de reducción que oscila entre el 20% y el 98%, lo que sugiere una eficaz actividad enzimática por parte de KPC. Además, la cuantificación que se llevó a cabo por medio de las dos técnicas empleadas mostró una reducción considerable del sustrato, respaldando aún más la actividad enzimática observada. Estos resultados subrayan la importancia de comprender la actividad de la enzima y tienen implicaciones significativas en el contexto de la resistencia antimicrobiana y la evaluación de nuevos compuestos farmacológicosÍtem First report and comparative genomics analysis of a blaoxa-244-haarboring escherichia coli isolate recovered in the American continent(Elsevier, 2019) Abril Riaño, Deisy Julieth; Bustos Moya, Ingrid Gisell; Márquez-Ortiz, Ricaurte Alejandro; Josa, Diego; Corredor Rozo, Zayda Lorena; Torres Molina, Isabel; Vanegas Gómez, Natasha; Escobar-Pérez, Javier; Escobar-Pérez, Javier [0000-0002-0432-6978]; Abril Riaño, Deisy Julieth [0000-0002-6686-6283]Ítem Genome plasticity favours double chromosomal Tn4401b-blaKPC-2 transposon insertion in the Pseudomonas aeruginosa ST235 clone(Biomed Central, 2019) Castellanos, Jaime; Abril Riaño, Deisy Julieth; Moncayo-Ortiz, José Ignacio; Corredor Rozo, Zayda Lorena; Reyes, Niradiz; Tovar, Catalina; Sánchez, Héctor Fabio; Guaca-González, Yina Marcela; Llanos-Uribe, Carmen Elisa; Olarte, Narda María; Vanegas, Natasha; Escobar-Pérez, Javier; Castro Cardozo, Betsy Esperanza; Marquez-Ortiz, Ricaurte Alejandro; Castellanos, Jaime [0000-0003-1596-8383]; Escobar-Pérez, Javier [0000-0002-0432-6978]; Abril Riaño, Deisy Julieth [0000-0002-6686-6283]Ítem Identification and “in silico” structural analysis of the glutamine-rich protein Qrp (YheA) in staphylococcus aureus(Bentham science publishers, 2019) Ospina Garcia, Katterine; Corredor Rozo, Zayda Lorena; Marquez-Ortiz, Ricaurte Alejandro; Castellanos, Jaime; Vanegas, Natasha; Escobar-Pérez, Javier; Castellanos, Jaime [0000-0003-1596-8383]; Escobar-Pérez, Javier [0000-0002-0432-6978]Ítem Participation of the arcRACME protein in self-activation of the arc operon located in the arginine catabolism mobile element in pandemic clone USA300(Instituto Oswaldo Cruz, Ministério da Saúde, 2017) Corredor Rozo, Zayda Lorena; Márquez-Ortiz, Ricaurte Alejandro; Vanegas, Natasha; Escobar-Pérez, Javier; Castro Cardozo, Betsy Esperanza; Escobar-Pérez, Javier [0000-0002-0432-6978]Ítem Plataformas de secuenciación de nueva generación y proteómica aplicadas a la virología vegetal: ¿cómo ha avanzado colombia?(Universidad nacional de colombia, 2019) Madroñero, Leidy Johana; Corredor Rozo, Zayda Lorena; Escobar-Pérez, Javier; Velandia-Romero, Myriam Lucía; Velandia-Romero, Myriam Lucía [0000-0002-3340-7304]; Escobar-Pérez, Javier [0000-0002-0432-6978]La producción y el comercio de cultivos es una de las actividades económicas más importantes para el país. Las enfermedades causadas por virus ocasionan graves pérdidas económicas en el sector, por lo tanto, la detección, diagnóstico y diseño de estrategias para su control y manejo es crucial. Las tecnologías de secuenciación masiva (NGS por sus siglas en ingles) y las ciencias Ómicas constituyen hoy, una herramienta para el descubrimiento de nuevos virus y para el estudio de la interacción entre los virus y su hospedero vegetal. Este conocimiento no solo permite el desarrollo de nuevos métodos de diagnóstico, sino también permite el descubrimiento de componentes claves en la infección, los cuales podrían usarse para obtener plantas resistentes a los virus. En el mundo, el manejo de cultivos se está trabajando con ese enfoque. Por lo tanto, en esta revisión se presentan las diferentes aplicaciones de las tecnologías ómicas en la virología de plantas y el avance que ha alcanzado Colombia. Adicionalmente, se muestran los diferentes recursos y programas usados para el análisis bioinformático de datos ómicos. Debido a su costo cada vez más reducido, las tecnologías NGS son una excelente oportunidad para explorar fitopatologías en una gran diversidad de productos agrícolas y para mejorar su potencial comercial.Ítem Worldwide Dissemination of blaKPC Gene by Novel Mobilization Platforms in Pseudomonas aeruginosa: A Systematic Review(Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI), 2023) Forero Hurtado, Daniela; Corredor Rozo, Zayda Lorena; Ruiz Castellanos, Julián Santiago; Márquez Ortiz, Ricaurte Alejandro; Vanegas, Natasha; Lafaurie, Gloria Inés; Chambrone, Leandro; Escobar Pérez, Javier; Abril Riaño, Deisy Julieth; Corredor Rozo, Zayda Lorena [0000-0002-6373-2343]; Márquez Ortiz, Ricaurte Alejandro [0000-0002-7188-6158]; Abril Riaño, Deisy Julieth [0000-0002-6686-6283]; Escobar Pérez, Javier [0000-0002-0432-6978]La diseminación de Pseudomonas aeruginosa portadora de blaKPC (KPC-Pa) se considera un grave problema de salud pública. Este estudio proporciona una visión general de la epidemiología de estos aislados para tratar de dilucidar nuevas plataformas de movilización que podrían contribuir a su propagación mundial. Se realizó una revisión sistemática en PubMed y EMBASE para encontrar artículos publicados hasta junio de 2022. Además, se desarrolló un algoritmo de búsqueda utilizando las bases de datos del NCBI para identificar secuencias que contuvieran posibles plataformas de movilización. Después, se filtraron las secuencias y se alinearon por pares para describir el entorno genético de blaKPC. Encontramos 691 aislados de KPC-Pa pertenecientes a 41 tipos de secuencias diferentes y recuperados de 14 países. Aunque el gen blaKPC sigue siendo movilizado por el transposón Tn4401, los elementos no Tn4401 (NTEKPC) fueron los más frecuentes. Nuestro análisis nos permitió identificar 25 NTEKPC diferentes, principalmente pertenecientes al NTEKPC-I, y también se observó un nuevo tipo (propuesto como IVa). Esta es la primera revisión sistemática que consolida información sobre el comportamiento de la adquisición de blaKPC en P. aeruginosa y las plataformas genéticas implicadas en su exitosa diseminación mundial. Nuestros resultados muestran una alta prevalencia de NTEKPC en P. aeruginosa y una dinámica acelerada de clones no relacionados. Toda la información recopilada en esta revisión se utilizó para construir un mapa interactivo en línea.