Worldwide Dissemination of blaKPC Gene by Novel Mobilization Platforms in Pseudomonas aeruginosa: A Systematic Review
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Fecha
2023
Título de la revista
Publicado en
Antibiotics, 2079-6382, 12, 4, April, 2023, 658
Publicado por
Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
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Resumen
La diseminación de Pseudomonas aeruginosa portadora de blaKPC (KPC-Pa) se considera un grave problema de salud pública. Este estudio proporciona una visión general de la epidemiología de estos aislados para tratar de dilucidar nuevas plataformas de movilización que podrían contribuir a su propagación mundial. Se realizó una revisión sistemática en PubMed y EMBASE para encontrar artículos publicados hasta junio de 2022. Además, se desarrolló un algoritmo de búsqueda utilizando las bases de datos del NCBI para identificar secuencias que contuvieran posibles plataformas de movilización. Después, se filtraron las secuencias y se alinearon por pares para describir el entorno genético de blaKPC. Encontramos 691 aislados de KPC-Pa pertenecientes a 41 tipos de secuencias diferentes y recuperados de 14 países. Aunque el gen blaKPC sigue siendo movilizado por el transposón Tn4401, los elementos no Tn4401 (NTEKPC) fueron los más frecuentes. Nuestro análisis nos permitió identificar 25 NTEKPC diferentes, principalmente pertenecientes al NTEKPC-I, y también se observó un nuevo tipo (propuesto como IVa). Esta es la primera revisión sistemática que consolida información sobre el comportamiento de la adquisición de blaKPC en P. aeruginosa y las plataformas genéticas implicadas en su exitosa diseminación mundial. Nuestros resultados muestran una alta prevalencia de NTEKPC en P. aeruginosa y una dinámica acelerada de clones no relacionados. Toda la información recopilada en esta revisión se utilizó para construir un mapa interactivo en línea.
Descripción
Abstract
The dissemination of blaKPC-harboring Pseudomonas aeruginosa (KPC-Pa) is considered a serious public health problem. This study provides an overview of the epidemiology of these isolates to try to elucidate novel mobilization platforms that could contribute to their worldwide spread. A systematic review in PubMed and EMBASE was performed to find articles published up to June 2022. In addition, a search algorithm using NCBI databases was developed to identify sequences that contain possible mobilization platforms. After that, the sequences were filtered and pair-aligned to describe the blaKPC genetic environment. We found 691 KPC-Pa isolates belonging to 41 different sequence types and recovered from 14 countries. Although the blaKPC gene is still mobilized by the transposon Tn4401, the non-Tn4401 elements (NTEKPC) were the most frequent. Our analysis allowed us to identify 25 different NTEKPC, mainly belonging to the NTEKPC-I, and a new type (proposed as IVa) was also observed. This is the first systematic review that consolidates information about the behavior of the blaKPC acquisition in P. aeruginosa and the genetic platforms implied in its successful worldwide spread. Our results show high NTEKPC prevalence in P. aeruginosa and an accelerated dynamic of unrelated clones. All information collected in this review was used to build an interactive online map.
Palabras clave
Pseudomonas aeruginosa, Resistencia al carbapenem, KPC, Tn4401, NTEKPC, Mapa interactivo
Keywords
Pseudomonas aeruginosa, Carbapenem resistance, KPC, Tn4401, NTEKPC, Interactive map