Examinando por Autor "Chowdhury, Shahreen A."
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Ítem A trilocus sequence typing scheme for hospital epidemiology and subspecies differentiation of an important nosocomial pathogen, Enterococcus faecalis(American Society for Microbiology, 2009) Chowdhury, Shahreen A.; Arias, César A.; Nallapareddy, Sreedhar R.; Reyes, Jinnethe; Willems, Rob J. L.; Beral, ValerieEn este estudio, presentamos un esquema de tipificación de secuencia trilocus (TLST) basado en regiones intragénicas de dos genes antigénicos, ace y salA (que codifican una adhesina de colágeno / laminina y un antígeno asociado a la pared celular, respectivamente), y un gen asociado con antibiótico resistencia, lsa (que codifica un transportador ABC putativo), para la diferenciación de subespecies de Enterococcus faecalis. Cada uno de los alelos se analizó utilizando 50 aislamientos de E. faecalis que representan 42 tipos de secuencias multilocus diversos (ST M; basado en siete genes de mantenimiento) y cuatro grupos de aislados unidos clonalmente (por electroforesis en gel de campo pulsado [PFGE]). Los perfiles alélicos y / o secuencias concatenadas de los tres genes coincidieron con los resultados de la tipificación de secuencias multilocus (MLST) para la tipificación de 49 de los 50 aislamientos; Además de la única excepción, se encontró que dos aislamientos tenían tipos de TLST idénticos pero eran variantes de un solo locus (que se diferenciaban por un solo nucleótido) según MLST y, por lo tanto, también se clasificaron como relacionados clonalmente por MLST. TLST también fue comparable a PFGE para establecer relaciones epidemiológicas a corto plazo, tipificando todos los aislados clasificados como relacionados clonalmente por PFGE con el mismo tipo. A continuación, se aplicó TLST a aislamientos representativos (de cada subtipo de PFGE y año de aislamiento) de una colección de 48 aislamientos hospitalarios y se demostraron las mismas relaciones entre los aislamientos de una cepa del brote que los encontrados por MLST y PFGE. En conclusión, el esquema TLST descrito aquí demostró ser exitoso para investigar la epidemiología a corto plazo en un entorno hospitalario y puede proporcionar una alternativa a MLST para discriminar aislamientos.Ítem Dissemination of methicillin-resistant staphylococcus aureus USA300 sequence type 8 lineage in Latin America(Infectious Diseases Society of America, 2009) Reyes, Jinnethe; Rincon Núñez, Sandra; Diaz, Lorena; Panesso, Diana; Contreras, Germán A.; Zurita, Jeannete; Carrillo, Carlos; Rizzi, Adele; Guzmán, Manuel; Adachi, Javier A.; Chowdhury, Shahreen A.; Beral, Valerie; Arias, César A.; Panesso, Diana [0000-0002-4049-9702]; Rincon Núñez, Sandra [0000-0002-8482-4554]Antecedentes. Staphylococus aureus resistente a la meticilina (MRSA) es un patógeno nosocomial y asociado a la comunidad (CA) importante. Recientemente, una variante del clon MRSA USA300 surgió y se diseminó en América del Sur, causando importantes problemas clínicos. Métodos. Se recolectaron prospectivamente aislamientos de S. aureus (2006-2008) de 32 hospitales terciarios en Colombia, Ecuador, Perú y Venezuela. Los aislados de MRSA se sometieron a pruebas de susceptibilidad a los antimicrobianos y electroforesis en gel de campo pulsado y se clasificaron como clones similares a los de la atención médica (HA) o CA según las características genotípicas y la detección de genes que codifican la leucocidina Panton-Valentine y el cromosoma del casete de estafilococos ( SCC) mec IV. Además, se realizó la tipificación de secuencias multilocus de aislados representativos de cada pulsotipo CAMRSA principal, y se investigó la presencia de toxinas asociadas con USA300 y el gen arcA para todos los aislamientos categorizados como CA-MRSA. Resultados. Se incluyó un total de 1570 S. aureus; 651 eran MRSA (41%) - con la tasa más alta de aislamiento de MRSA en Perú (62%) y la más baja en Venezuela (26%) - y el 71%, 27% y 2% se clasificaron como HA-like, CA- clones similares y no similares a CA / HA, respectivamente. Se confirmó que solo 9 aislados de MRSA tenían una susceptibilidad reducida a los glicopéptidos (fenotipo de S. aureus intermedio con glicopéptidos). El pulsotipo más común (designado ComA) entre las cepas de MRSA similares a CA se encontró en el 96% de los aislados, y la mayoría (81%) tiene una diferencia de banda ≤ S6 con la cepa USA300-0114. Los aislados representativos de este clon fueron el tipo de secuencia 8; sin embargo, a diferencia de la cepa USA300-0114, albergaban un subtipo diferente de SCCmec IV y carecían de arcA (un indicador del elemento móvil catabólico de arginina). Conclusión. Se ha establecido una variante del clon CA-MRSA USA300 en América del Sur y, en algunos países, es endémica en entornos hospitalarios.Ítem The majority of a collection of U.S. Endocarditis enterococcus faecalis isolates obtained from 1974 to 2004 lack capsular genes and belong to diverse, non-hospital-associated lineages(American Society for Microbiology, 2014) Chowdhury, Shahreen A.; Nallapareddy, Sreedhar R.; Arias, Cesar A.; Murray, Barbara E.