Identificación de especies de Enterococcus spp: secuenciación del genoma completo en comparación con tres sistemas basados ​​en pruebas bioquímicas y dos sistemas de espectrometría de masas de tiempo de vuelo de ionización / desorción láser asistida por matriz (MALDI ‐ TOF MS)

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dc.contributor.authorGarza-Gonzalez, Elvira
dc.contributor.authorBocanegra‐Ibarias, Paola
dc.contributor.authorDinh, An
dc.contributor.authorMorfín Otero, Rayo
dc.contributor.authorCamacho Ortiz, Adrián
dc.contributor.authorRojas-Larios, Fabian
dc.contributor.authorRodríguez Zulueta, Patricia
dc.contributor.authorArias, Cesar A.
dc.date.accessioned2020-11-04T15:58:50Z
dc.date.available2020-11-04T15:58:50Z
dc.description.abstractObjetivo: Aquí, evaluamos el rendimiento de dos sistemas comerciales de EM MALDI ‐ TOF y tres sistemas basados en bioquímicos y los comparamos con WGS como el estándar de oro para identificar cepas de enterococos resistentes a la vancomicina (ERV). Métodos: Se incluyeron un total de 87 aislamientos clínicos de ERV. Los espectrómetros de masas fueron el sistema Microflex con software Biotyper 3.1 y el sistema Vitek MS. Los sistemas basados en bioquímicos incluyeron los sistemas Vitek 2, Phoenix y MicroScan WalkAway. La WGS se realizó en un instrumento Illumina MiSeq utilizando el kit de reactivos MiSeq v3. La resistencia a la vancomicina se determinó según los criterios de CLSI. Resultados: Entre los 87 VRE, 71 y 16 fueron identificados como Enterococcus faecium y Enterococcus faecalis por WGS. Los 71 E faecium fueron identificados correctamente por ambos espectrómetros de masas, así como por los instrumentos Vitek 2 y Phoenix. Sin embargo, el sistema MicroScan solo identificó correctamente 51 aislados de E. faecium . La identificación errónea más frecuente fue Enterococcus casseliflavus (n = 20). Para E. faecium resistente a la vancomicina , el sistema Microflex Biotyper tuvo la mayor sensibilidad (85,54%) y todos los instrumentos (excepto el Microscan) tuvieron una especificidad y un VPP del 100%. Hasta el 87% de E. faecalis los aislamientos fueron identificados erróneamente por VITEK MS y VITEK2, 81% por Microscan y Phoenix, y 75% por Bruker biotyper. Conclusión: A medida que la cobertura de la base de datos de secuencias de tipo cepa-genoma continúa creciendo y el costo de la secuenciación del ADN continúa disminuyendo, la identificación basada en el genoma puede ser una herramienta útil para los laboratorios de diagnóstico, con su precisión superior incluso sobre MALDI-TOF y las operaciones basadas en bases de datos .spa
dc.description.abstractenglishAim: Here, we evaluated the performance of two commercial MALDI-TOF MS systems and three biochemical-based systems and compared them to WGS as the gold standard for identifying isolates of vancomycin-resistant enterococci (VRE). Methods: A total of 87 VRE clinical isolates were included. The mass spectrometers were the Microflex system with Biotyper software 3.1 and the Vitek MS system. The biochemical-based systems included the Vitek 2, Phoenix, and MicroScan WalkAway systems. WGS was performed on an Illumina MiSeq instrument using the MiSeq v3 reagent kit. Vancomycin resistance was determined according to CLSI criteria. Results: Among the 87 VRE, 71 and 16 were identified as Enterococcus faecium and Enterococcus faecalis by WGS. All 71 E faecium were correctly identified by both mass spectrometers, as well as the Vitek 2 and Phoenix instruments. However, only 51 E faecium isolates were correctly identified by the MicroScan system. The most frequent misidentification was Enterococcus casseliflavus (n = 20). For vancomycin-resistant E faecium, the Microflex Biotyper system had the highest sensitivity (85.54%), and all instruments (except for the Microscan) had a 100% specificity and PPV. Up to 87% of E faecalis isolates were misidentified by VITEK MS and VITEK2, 81% by Microscan and Phoenix, and 75% by Bruker biotyper. Conclusion: As the coverage of type strain-genome sequence database continues to grow and the cost of DNA sequencing continues to decrease, genome-based identification can be a useful tool for diagnostic laboratories, with its superior accuracy even over MALDI-TOF and database-driven operations.eng
dc.format.mimetypeapplication/pdf
dc.identifier.doihttps://doi.org/10.1002/jcla.23348
dc.identifier.instnameinstname:Universidad El Bosquespa
dc.identifier.issn1098-2825
dc.identifier.reponamereponame:Repositorio Institucional Universidad El Bosquespa
dc.identifier.repourlhttps://repositorio.unbosque.edu.co
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/20.500.12495/4618
dc.language.isoeng
dc.publisherWiley Online Libraryspa
dc.publisher.journalJournal of Clinical Laboratory Analysisspa
dc.relation.ispartofseriesJournal of Clinical Laboratory Analysis,1098-2825, Vol.34,Nro.8,2020spa
dc.relation.urihttps://onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1002/jcla.23348
dc.rightsAttribution 4.0 International*
dc.rights.accessrightshttps://purl.org/coar/access_right/c_abf2
dc.rights.accessrightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.accessrightsAcceso abierto
dc.rights.creativecommons2020
dc.rights.localAcceso abiertospa
dc.rights.urihttps://creativecommons.org/licenses/by/4.0/*
dc.subjectDesorción/ionización láser asistida por matrizspa
dc.subjectSecuenciación del genoma completospa
dc.subject.keywordsMALDI TOFspa
dc.subject.keywordsphoenixspa
dc.subject.keywordsPhoenixspa
dc.subject.keywordsVitek MSspa
dc.subject.keywordsWhole genome sequenicngspa
dc.titleIdentificación de especies de Enterococcus spp: secuenciación del genoma completo en comparación con tres sistemas basados ​​en pruebas bioquímicas y dos sistemas de espectrometría de masas de tiempo de vuelo de ionización / desorción láser asistida por matriz (MALDI ‐ TOF MS)spa
dc.title.translatedSpecies identification of Enterococcus spp: Whole genome sequencing compared to three biochemical test‐based systems and two Matrix‐Assisted Laser Desorption/Ionization Time‐of‐Flight Mass Spectrometry (MALDI‐TOF MS) systemsspa
dc.type.coarhttps://purl.org/coar/resource_type/c_6501
dc.type.driverinfo:eu-repo/semantics/article
dc.type.hasversioninfo:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.localArtículo de revista

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