Identificación de péptidos inmunodominantes de las células TCD4 en la respuesta inmunológica frente al SARS-CoV-2: una aproximación bioinformática
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2022
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Resumen
Introducción: el COVID-19 puede presentarse como un síndrome respiratorio severo causado por el coronavirus de tipo 2 (SARS-CoV-2). Este virus surgió en China a finales del 2019 y se extendió rápidamente a todas las regiones del mundo, por lo cual la organización mundial de la salud (OMS) declaró la pandemia el 11 de marzo de 2020. Por lo tanto, comprender cómo funciona la memoria inmune frente al SARS-CoV-2 es fundamental para conocer la capacidad protectora del sistema inmune frente a este nuevo virus. Objetivo: identificar los posibles péptidos específicos derivados del virus SARS- CoV-2 presentados por las moléculas de MHC-II a los linfocitos T CD4. Método: el presente estudio corresponde a un análisis bioinformático usando los algoritmos de las bases de datos Syfpheity, P9 (Tetitope) y NetMHCIIPan con las proteínas del virus SARS-CoV-2 variante de Wuhan en el formato FASTA obtenidas del IEDB para de esta manera seleccionar los posibles péptidos específicos del SARS-CoV-2 que cumplieran con los requisitos previamente establecidos. Resultados y conclusiones: con el presente estudio se espera realizar la predicción de los posibles péptidos derivados de las proteínas del virus que se unen a ciertos alelos de HLA-II y que son reconocidos por los linfocitos T, siendo importante para el entendimiento de la inmunología frente al virus y el desarrollo de futuras vacunas frente a este. Se analizaron 9585 péptidos, se seleccionaron 8.918 péptidos que cumplieron con los requisitos y finalmente 25 péptidos fueron reconocidos por los tres alelos.
Descripción
Abstract
Introduction: COVID-19 can present as a severe respiratory syndrome caused by coronavirus type 2 (SARS-CoV-2). This virus emerged in China at the end of 2019 and quickly spread to all regions of the world, for which the world health organization (WHO) declared a pandemic on March 11, 2020. Therefore, understanding how the immune memory against SARS-CoV-2 is essential to know the protective capacity of the immune system against this new virus. Objective: identify possible specific peptides derived from the SARS-CoV-2 virus presented by MHC-II molecules to CD4 T lymphocytes. Methods: the present study corresponds to a bioinformatic analysis using the databases Syfpheity, P9 (Tetitope) and NetMHCIIPan with the SARS-CoV-2 Wuhan variant proteins in FASTA format obtained from the IEDB in order to find the possible specific peptides of SARS-CoV-2 that met the previous established requirements. Results and conclusions: with the present study, it is expected to predict the possible peptides derived from the virus proteins that bind to certain alleles of HLA-II and that are recognized by T lymphocytes, being important for the understanding of the immunology against the virus and the development of future vaccines against it. 9585 peptides were analyzed, 8918 peptides that met the requirements were selected and finally 25 peptides were recognized by the three alleles.
Palabras clave
Epitopes, Inmunodominancia, SARS-CoV-2, Inmunología, linfocitos T, TCD4, COVID-19
Keywords
Epitopes, Immunodominance, SARS-CoV-2, Immunology, T lymphocytes, TCD4, COVID-19