Caracterización de la colonización por Klebsiella pneumoniae resistentes a carbapenémicos en pacientes provenientes de UCI

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2022

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Resumen

Introducción. La resistencia a carbapenémicos es un problema de gran magnitud en salud pública a nivel mundial, pues este grupo antibiótico se considera la última opción terapéutica para tratar este tipo de bacterias multirresistentes. La caracterización molecular de estas bacterias en pacientes colonizados brinda información que permite crear estrategias para el control de infecciones y manejo empírico más dirigido. Objetivo. Describir las características moleculares de Klebsiella pneumoniae resistente a carbapenémicos colonizantes del TGI en pacientes en UCI en dos hospitales de alta complejidad. Materiales y métodos. Se recolectaron 29 muestras a partir de hisopados rectales de pacientes de dos hospitales de alta complejidad. La identificación del género bacteriano y del fenotipo con resistencia a carbapenémicos de estos aislamientos se estableció por medio de medios cromogénicos (ChromAgar Orientation y SuperCarba). Posteriormente, se realizó secuenciación del genoma completo por medio de la plataforma Illumina y se analizaron los datos a través de Kleborate. Resultados. Se obtuvo un total de 19 (65%) aislamientos confirmados como K. pneumoniae, y se observó resistencia a tetraciclinas en un 42%. La carbapenemasa KPC fue encontrada detectada en el 16% de las cepas confirmadas y el 21% de las cepas presentó genes de resistencia a aminoglucósidos y quinolonas. Se encontró que 31,5% de las cepas presentaron genes de virulencia relevantes como yersiniobactina y colibactina. Los tipos de secuencia encontrados fueron muy diversos y no se encontró el linaje de ST258. Conclusión. K. pneumoniae resistente a carbapenémicos fue encontrada como colonizador del tracto gastrointestinal de pacientes de UCI, lo cual genera alerta en la probabilidad de intercambio genético con otras bacterias o la posibilidad de presentarse infecciones por este microorganismo en este tipo de pacientes. Razón muy importante para la implementación de herramientas prácticas y eficaces para la vigilancia epidemiológica y la evaluación de rutina de la colonización por este tipo de microorganismos.

Descripción

Abstract

Introduction: Carbapenems resistance is a huge magnitude health associate problem worldwide, cause this antibiotic group is considered the last therapeutic option for the treatment of this kind of multi-resistant bacteria. Molecular characterization of this group of bacteria in colonized patients provides information for the creation of control strategies and a efficient targeted empiric treatment. Objective: Describe the molecular characteristics of GIT colonizing Klebsiella pneumoniae resistant to carbapenems in ICU patients in two highly complex hospitals. Materials and methods: 29 rectal samples of colonized patients were collected from two highly complex hospitals. The identification of the bacteria genera and the phenotype of resistance to carbapenems of these isolates was established by means of chromogenic means (ChromAgar Orientation and SuperCarba). For the complete genome sequencing we used the Illumina platform and for the analysis of the obtained data it was used the Kleborate program. Results: 19 confirmed isolates (65%) were from Klebsiella pneumoniae. 42% of the strains were resistant to tetracyclines. 16% of the strains presented the blaKPC gene and 21% of the strains presented genes for resistance to aminoglycosides and quinolones. It was found that 31.5% of the strains presented relevant virulence genes as yersiniobactina and colibactin. The sequence types found were very diverse and the ST258 lineage was not found. Conclusion: Using the molecular typing techniques, it was possible to confirm that carbapenemic-resistant K. pneumoniae can colonize the gastrointestinal tract of patients upon admission to the ICU, fact which generates an alert on the probability of genetic exchange with other bacteria or the possibility of infections due to this microorganism in this type of patient. A very important reason for the implementation of practical and effective tools for epidemiological surveillance and routine evaluation of colonization by this type of microorganism.

Palabras clave

Klebsiella pneumoniae, Miltidrogorresistencia, Colonización, Microbiota intestinal, Carbapenémicos, Betalactamasas, Tipificación molecular, Linaje, Infección asociada a la atención en salud

Keywords

Klebsiella pneumoniae, Multidrug-resistance, Colonization, Intestinal microbiota, Carbapenems, Beta-lactamases, Molecular typing, Lineage, Infection associated with health care

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