Examinando por Autor "Dinh, An"

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    A Test for the Rapid Detection of the Cefazolin Inoculum Effect in Methicillin-Susceptible Staphylococcus aureus
    (American Society for Microbiology, 2021) Rincon, Sandra; Carvajal, Lina P.; Gomez Villegas, Sara I.; Echeverri, Aura M.; Rios, Rafael; Dinh, An; Pedroza, Claudia; Ordoñez, Karen M.; Nannini, Esteban; Sun, Zhizeng; Fowler, Vance G.; Murray, Barbara E.; Miller, William R.; Palzkill, Timothy; Diaz, Lorena; Arias, Cesar A.; Reyes, Jinnethe; Palzkill, Timothy [0000-0002-5267-0001]; Reyes, Jinnethe [0000-0002-1722-0734]; Miller, William R. [0000-0002-1518-2973]
    El efecto inóculo de la cefazolina (CzIE) se ha asociado a fracasos terapéuticos y mortalidad en infecciones invasivas por Staphylococcus aureus sensible a la meticilina (MSSA). Actualmente no se dispone de una prueba diagnóstica para detectar el CzIE. Desarrollamos una prueba colorimétrica CzIE rápida (∼3 h) para detectar la actividad estafilocócica-β-lactamasa (BlaZ) en sobrenadantes tras la inducción con ampicilina. La prueba se validó utilizando 689 aislados de MSSA del torrente sanguíneo recuperados de Latinoamérica y Estados Unidos. Se utilizó como patrón de referencia la determinación de la CMI de cefazolina con un inóculo elevado (107 UFC/ml) (punto de corte ≥16 μg/ml). Todos los aislados se sometieron a secuenciación del genoma. Un total de 257 (37,3%) de los aislados de MSSA presentaron la CzIE por el método del estándar de referencia. La sensibilidad y especificidad globales de la prueba colorimétrica fueron del 82,5% y el 88,9%, respectivamente. La sensibilidad en los aislados de MSSA que albergaban BlaZ de tipo A (la enzima más eficaz contra la cefazolina) fue del 92,7%, con una especificidad del 87,8%. El rendimiento de la prueba fue inferior frente a las enzimas de tipo B y C (sensibilidades del 53,3% y el 72,3%, respectivamente). Cuando el valor de referencia se fijó en ≥32 μg/ml, la sensibilidad para los aislados portadores de enzimas de tipo A fue del 98,2%. La especificidad fue del 100% para el MSSA carente de blaZ. El valor predictivo negativo global osciló entre el 81,4% y el 95,6% en los países latinoamericanos utilizando las tasas de prevalencia publicadas de la CzIE. Los aislados de MSSA de los Estados Unidos eran genéticamente diversos, sin diferencias genómicas distintivas con respecto al MSSA latinoamericano, distribuidos entre 18 tipos de secuencia. Una nueva prueba puede identificar fácilmente la mayoría de los aislados de MSSA que presentan la CzIE, en particular los portadores del tipo A BlaZ. A diferencia de la determinación de la CMI utilizando un inóculo elevado, la prueba rápida es barata, factible y fácil de realizar. Tras unos pequeños pasos de validación, podría incorporarse al flujo de trabajo rutinario del laboratorio clínico.
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    Identificación de especies de Enterococcus spp: secuenciación del genoma completo en comparación con tres sistemas basados ​​en pruebas bioquímicas y dos sistemas de espectrometría de masas de tiempo de vuelo de ionización / desorción láser asistida por matriz (MALDI ‐ TOF MS)
    (Wiley Online Library) Garza-Gonzalez, Elvira; Bocanegra‐Ibarias, Paola; Dinh, An; Morfín Otero, Rayo; Camacho Ortiz, Adrián; Rojas-Larios, Fabian; Rodríguez Zulueta, Patricia; Arias, Cesar A.
    Objetivo: Aquí, evaluamos el rendimiento de dos sistemas comerciales de EM MALDI ‐ TOF y tres sistemas basados en bioquímicos y los comparamos con WGS como el estándar de oro para identificar cepas de enterococos resistentes a la vancomicina (ERV). Métodos: Se incluyeron un total de 87 aislamientos clínicos de ERV. Los espectrómetros de masas fueron el sistema Microflex con software Biotyper 3.1 y el sistema Vitek MS. Los sistemas basados en bioquímicos incluyeron los sistemas Vitek 2, Phoenix y MicroScan WalkAway. La WGS se realizó en un instrumento Illumina MiSeq utilizando el kit de reactivos MiSeq v3. La resistencia a la vancomicina se determinó según los criterios de CLSI. Resultados: Entre los 87 VRE, 71 y 16 fueron identificados como Enterococcus faecium y Enterococcus faecalis por WGS. Los 71 E faecium fueron identificados correctamente por ambos espectrómetros de masas, así como por los instrumentos Vitek 2 y Phoenix. Sin embargo, el sistema MicroScan solo identificó correctamente 51 aislados de E. faecium . La identificación errónea más frecuente fue Enterococcus casseliflavus (n = 20). Para E. faecium resistente a la vancomicina , el sistema Microflex Biotyper tuvo la mayor sensibilidad (85,54%) y todos los instrumentos (excepto el Microscan) tuvieron una especificidad y un VPP del 100%. Hasta el 87% de E. faecalis los aislamientos fueron identificados erróneamente por VITEK MS y VITEK2, 81% por Microscan y Phoenix, y 75% por Bruker biotyper. Conclusión: A medida que la cobertura de la base de datos de secuencias de tipo cepa-genoma continúa creciendo y el costo de la secuenciación del ADN continúa disminuyendo, la identificación basada en el genoma puede ser una herramienta útil para los laboratorios de diagnóstico, con su precisión superior incluso sobre MALDI-TOF y las operaciones basadas en bases de datos .
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    Molecular and clinical epidemiology of carbapenem-resistant Enterobacterales in the USA (CRACKLE-2): a prospective cohort study
    (Elsevier Ltd., 2020) Van Duin, David; Arias, Cesar A.; Komarow, Lauren; Chen, Liang; Hanson, Blake M.; Weston, Gregory; Cober, Eric; Garner, Omai B.; Jacob, Jesse T.; Satlin, Michael J.; Fries, Bettina C.; Garcia Diaz, Julia; Doi, Yohei; Dhar, Sorabh; Kaye, Keith S.; Earley, Michelle; Hujer, Andrea M.; Hujer, Kristine M.; Domitrovic, T. Nicholas; Shropshire, William C.; Dinh, An; Manca, Claudia; Luterbach, Courtney L.; Wang, Minggui; Paterson, David L.; Banerjee, Ritu; Patel, Robin; Evans, Scott; Hill, Carol; Arias, Rebekka; Chambers, Henry F.; Fowler, Vance G.; Kreiswirth, Barry N.; Bonomo, Robert A.
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    Simultaneous infection with enterobacteriaceae and pseudomonas aeruginosa harboring multiple carbapenemases in a returning traveler colonized with candida auris
    (American Society for Microbiology, 2020) Ayesha, Khan; Shropshire, William; Arias, Cesar A; Hanson, Blake; Wanger, Audrey; Dinh, An; Miller, William; Ostrosky-Zeichner, Luis