Pregrado

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https://hdl.handle.net/20.500.12495/152

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Examinando Pregrado por Autor "Abril Riaño, Deisy Julieth"

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    Análisis de la Movilidad del Transposón Tn6454 en Klebsiella pneumoniae
    (2022) Rodríguez Torres, Mariana Alejandra; Escobar Pérez, Javier Antonio; Abril Riaño, Deisy Julieth; Rodríguez Torres, Mariana Alejandra [0000-0002-4480-3898]
    Klebsiella pneumoniae es una bacteria Gram negativa de importancia médica, debido a su capacidad de generar diferentes infecciones en el humano dentro o fuera de ambientes hospitalarios. Además, esta bacteria también tiene la capacidad de ser resistente a un elevado número de antibióticos, como los carbapenémicos, antibióticos de última línea empleados para el tratamiento de infecciones complejas hospitalarias. Para el 2012 en Colombia se reporta un elevado incremento en aislamientos de K. pneumoniae en UCI, generando un 15% de los casos infección, con un incremento del 7% en la resistencia a carbapenémicos. El mecanismo de resistencia a carbapenémicos de Klebsiella pneumoniae es la producción de la enzima KPC, la cual es codificada por el gen blaKPC. Este gen ha presentado una alta propagación debido principalmente a su movilización por diferentes isoformas del transposón Tn4401, un elemento genético que se ha movilizado en varios plásmidos de esta bacteria. En 2021 el Laboratorio de Genética Molecular Bacteriana identificó al transposón Tn6454, un nuevo elemento no relacionado con el Tn4401 (NTEKPC-IIe), el cual también albergaba el gen blaKPC, con un tamaño de 6.648pb, dentro de un plásmido IncN de 15.947pb (p33Kpn12-KPC) en la cepa 33Kpn12 de K. pneumoniae. Teniendo en cuenta el impacto clínico que tiene esta nueva plataforma genética, el objetivo de este proyecto fue analizar la movilización del transposón Tn6454 en el aislamiento 33Kpn12 de Klebsiella pneumoniae. Para cumplir con este objetivo se plantearon dos estrategias metodológicas diferentes, la primera se basó en el método de conjugación en medio líquido donde la cepa donadora fue la 33Kpn12 de K. pneumoniae y la cepa receptora fue E.coli J53; la segunda estrategia se basó en el método de conjugación en medio sólido, donde la cepa donadora fue E.coli K12 transformada y la receptora fue E.coli J53. Finalmente, se obtuvo una población bacteriana resistente a Trimetoprim-sulfametoxazol, Meropenem y Azida de Sodio, sugiriendo la posible movilización de los plásmidos, que albergan los genes de resistencia a cada uno de estos antibióticos. Para la confirmación de la movilización de Tn6454, se realizaron pruebas moleculares mediante la técnica de PCR convencional, identificando la presencia de Tn6454 dentro de una población bacteriana, en un ambiente genómico diferente al descrito en el plásmido p33Kpn12-KPC, lo que sugiere que el transposón se movilizó de manera independiente.
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    Análisis de los mecanismos asociados a la estabilización y persistencia del plásmido tipo ColRNAI_blaKPC-2 del aislamiento clínico de Klebsiella pneumoniae 33Kpn12
    (2021-12-06) Forero Hurtado, Daniela Paola; Corredor Rozo, Zayda Lorena; Abril Riaño, Deisy Julieth
    Los aislamientos de Klebsiella pneumoniae productores de carbapenemasas tipo KPC (KPC-Kp) constituyen una de las enterobacterias con mayor relevancia clínica debido a su alto grado de resistencia frente a los carbapenémicos y sus limitadas líneas de tratamiento. En Colombia, la gran circulación de variante alélica blaKPC-2 en enterobacterias, se ha atribuido principalmente a procesos de transferencia horizontal de genes mediada por una variedad de plásmidos movilizables y conjugativos; por lo que el estudio de los mecanismos que favorecen la estabilidad y permanencia de estos plásmidos portadores del gen blaKPC-2 en aislamientos clínicos, resulta de gran interés para comprender su papel en la diseminación de la resistencia a antibióticos en el país. Recientemente en el Laboratorio de Genética Molecular Bacteriana identificó al nuevo transposón Tn6454 movilizando blaKPC-2 en el aislamiento clínico de Klebsiella pneumoniae 33Kpn12 (ST504), asociado a una estructura de ADN plasmídica de tipo ColRNAI. En el presente estudio se analizaron los mecanismos asociados a la estabilidad y persistencia de este plásmido tipo ColRNAI_blaKPC-2, con el fin de investigar los procesos que podrían promover el mantenimiento de este plásmido ahora con el Tn6454, y las características genéticas estructurales que pueden tener implicaciones en la diseminación de genes de resistencia. Se realizó una identificación in sílico de los elementos genéticos asociados a estabilidad mediante un análisis BLASTn y BLASTp en las bases de datos del NCBI, PlasmidFinder, Uniprot, TAFinder, entre otras. Estos análisis permitieron identificar regiones altamente conservadas implicadas en la estabilidad tales como (i) un sistema de regulación de número de copias mediado por un ARN antisentido, (ii) un sistema Toxina-Antitoxina tipo II, (iii) funciones de exclusión de membrana mediadas por proteínas de exclusión y (vi) un grupo de proteínas bacteriocinas involucradas en procesos de competencia. Adicionalmente, se realizó un ensayo de estabilidad mediante crecimientos seriales, en el que se evidenció que el plásmido tipo ColRNAI_blaKPC-2 es altamente estable en la cepa hospedadora durante 15 días en ausencia de antibiótico. Este trabajo constituye el primer reporte de estabilidad en este tipo de plásmidos ColRNAI y dada su relevancia clínica y epidemiológica, se sugiere que este plásmido puede ser un participante activo en la diseminación de blaKPC en K. pneumoniae.
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    Caracterización de los elementos transponibles NTEKPC en aislamientos clínicos colombianos de pseudomonas aeruginosa
    (2021-12-06) Ruiz Castellanos, Julian Santiago; Márquez Ortíz, Ricaurte Alejandro; Abril Riaño, Deisy Julieth
    Pseudomonas aeruginosa es un microorganismo oportunista capaz de producir infecciones en pacientes de alto riesgo. La multiresistencia de este organismo ha aumentado debido a la presencia de genes para carbapenemasas de tipo serina como blaKPC, gen descubierto en Klebsiella pneumoniae y movilizado por transferencia horizontal a otras especies y géneros bacterianos; su diseminación se ha dado principalmente por el el transposón Tn4401, un elemento genético capaz de movilizar al gen blaKPC de una región del genoma a otra y que contribuye a su diseminación mediante transferencia horizontal de genes. Sin embargo, recientemente en K. pneumoniae se han encontrado algunos elementos genéticos no convencionales (NTEKPC) asociados a blaKPC. El objetivo de este trabajo consistió en caracterizar in silico un nuevo elemento NTEKPC encontrado en P. aeruginosa para contribuir con información que permita dilucidar diferentes mecanismos de diseminación de este determinante de resistencia, este nuevo elemento se clasificó como NTEKPC-IIf. Adicionalmente se buscó establecer la frecuencia de este tipo de elementos en un grupo de aislamientos encontrados en la ciudad de Bogotá y el municipio de Chía, Colombia. La caracterización molecular del Tn4401 (a-i) y los NTEKPC fue realizada mediante diferentes PCR que creando un método de detección y diferenciación del entorno genético de blaKPC basado en los elementos reportados hasta la fecha. Los resultados obtenidos demostraron que, a pesar de que el Tn4401 fue el elemento con mayor prevalencia, el NTEKPC-IIf se presentó en un número significativo de aislamientos (29.5%), y que este elemento es capaz de circular en diferentes linajes genéticos y en diferentes instituciones en la región.