Estructuración de comunidades bacterianas de la unidad de cuidados intensivos-adultos de una institución de cuarto nivel en Bogotá, antes y después de su apertura (2018 y 2022)

Abstract

La microbiota humana cambia constantemente, influida por el intercambio de microorganismos entre los individuos y el medio ambiente, lo que facilita la transmisión de bacterias que tienen una importancia clínica en el ámbito hospitalario. Sin embargo, la comprensión de la composición del microbioma ambiental en relación con la ocupación del espacio sigue siendo limitada. Nuestro objetivo fue caracterizar la microbiota ambiental de la Unidad de Cuidados Intensivos (UCI) de adultos de un hospital de alta complejidad en Colombia en el contexto previo a su apertura y cuatro años después de su ocupación. En 5 de las 12 habitaciones que componen la UCI de adultos se tomaron 34 hisopos de superficies correspondientes a baranda de cama, colchón, lavamanos, monitor, timbre de llamada de enfermera, mesa y lavamanos de pasillo en el periodo pre-apertura (2018). En el periodo posterior a la apertura (2022) se tomaron otras 34 muestras de las mismas superficies. Los hisopos se guardaron en tampón protector de ADN/ARN y se almacenaron a -80°C. La composición del microbioma se determinó mediante secuenciación del ARNr 16S (región V4) utilizando la plataforma MiSeq-Illumina. La clasificación de las variantes de secuencia de los amplicones (ASV) se realizó utilizando la base de datos greengenes2. Se calcularon los índices de Simpson y Shannon para determinar las diferencias en la diversidad de la microbiota entre periodos, y los análisis de Sankey y SIMPER para identificar diferencias estadísticas en la abundancia de taxones entre periodos. Las superficies de las UCI de adultos mostraron una composición diferencial de la microbiota entre los periodos anterior y posterior a la apertura. En el periodo de preapertura, se encontró un predominio de Proteobacterias en las barras de cama y lavabos (abundancia;80%), mientras que en el resto de las superficies fue cercano al 50%, con presencia de Firmicutes, Bacteroidota, y Fusobacteriota. Los géneros más abundantes fueron Acinetobacter y Pseudomonas. En el caso de la post-apertura , se observó un aumento de la abundancia de Bacteriodota Firmicutes, Actinobacteriota y Fusobacteriota y una reducción de Proteobacteria, en consonancia con una mayor abundancia de Prevotella, Staphylococcus y Corynobacterium. Las únicas superficies que mostraron diferencias en su diversidad alfa fueron las barras de las camas y los lavabos, relacionadas con un aumento de la diversidad en el periodo posterior a la apertura (índices de Shannon y Simpson, p;0,05). En las barandas cama, la abundancia aumentó del 0,8% al 59% para Bacteroidota (géneros Microscillaceae - Prevotella), del 8% al 21% para Firmicutes (Staphylococcus spp. y Lactobacullus spp.), mientras que las Proteobacterias disminuyeron del 90% al 5%, asociadas a la reducción de Acinetobacter spp. y Pseudomonas spp. Se observaron cambios similares en la abundancia de los Phyla Bacteriodota, Firmicutes y Proteobacterias en las barras de las camas. Sin embargo, sólo los lavabos presentan una mayor abundancia de Actinobacteria, relacionada con el aumento de los géneros Corynebacterium y Cupriavidus. La ocupación es uno de los principales factores determinantes de la colonización bacteriana en los entornos hospitalarios. Se identificaron cambios potencialmente impulsados por la ocupación hospitalaria, con desplazamiento de la microbiota ambiental por taxones bacterianos asociados a la microbiota humana, en particular de la piel (Staphylococcus spp. y Corynebacterium spp.) y gastrointestinal (Prevotella spp. y Enterobacterales).