Evaluación del impacto del uso de PCR-multiplex en la detección de multidrogo-rresistencia en neumonía en un hospital de alta complejidad en Bogotá, Colombia

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Resumen

Introducción y objetivos: La resistencia antimicrobiana representa una amenaza creciente para la salud global. En el manejo de la neumonía bacteriana, es esencial conocer la epidemiología local y los factores de riesgo para optimizar el tratamiento empírico. Este estudio buscó identificar factores asociados a neumonía bacteriana multidrogorresistente (MDR) y evaluar el impacto clínico y microbiológico de la PCR-multiplex antes y después de la pandemia por COVID-19. Métodos: Estudio de cohorte analítico, observacional y retrospectivo realizado en un hospital de alta complejidad en Bogotá, Colombia, entre 2018 y 2024. Se comparó el desempeño de PCR-multiplex frente a cultivos tradicionales en pacientes adultos con neumonía bacteriana. Resultados: Se incluyeron 882 pacientes, con mediana de edad de 68 años; el 47% eran mujeres, el 34% ingresó a UCI y la mortalidad fue del 22%. Los patógenos más frecuentes fueron Klebsiella pneumoniae, Staphylococcus aureus, Enterobacter cloacae complex y Acinetobacter baumannii. Se observó un aumento en la detección de virus respiratorios y mecanismos de resistencia post-COVID, destacando KPC (27.9%), CTX-M (22.8%) y mecA/C (13.2%). La falla renal, uso previo de antibióticos e intubación se asociaron a MDR. La PCR-multiplex mostró alta concordancia con cultivos (PCP: 100%, Kappa: 0.72), especialmente para patógenos atípicos. Conclusión: La PCR-multiplex demostró ser una herramienta diagnóstica valiosa, especialmente en la era post-COVID, al detectar con mayor sensibilidad patógenos respiratorios y mecanismos de resistencia. El incremento en la resistencia bacteriana destaca la necesidad de estrategias diagnósticas rápidas y vigilancia continua. Palabras clave: Neumonía bacteriana, PCR-multiplex, Resistencia antimicrobiana, Post-COVID-19, Concordancia diagnóstica.

Descripción

Abstract

Background: Multidrug-resistant (MDR) pathogens are a growing concern in pneumonia management, particularly in low- and middle-income countries where surveillance is limited. Rapid molecular diagnostics like multiplex PCR may enhance pathogen detection and support antimicrobial stewardship. Objectives: To evaluate the diagnostic performance of multiplex PCR compared to conventional culture in bacterial pneumonia, identify predictors of MDR infection and mortality, and analyze changes in resistance patterns before and after the COVID-19 pandemic in a tertiary hospital in Bogotá, Colombia. Methods: Retrospective cohort study of 882 adults hospitalized with bacterial pneumonia between 2018 and 2024. Microbiological diagnosis was performed using the BioFire® FilmArray® Pneumonia Panel plus and/or culture. Logistic regression identified predictors of MDR infection, mortality, and post-pandemic increases in resistance. Diagnostic agreement was assessed using percent agreement and Cohen’s Kappa. Results: Most prevalent pathogens were Klebsiella pneumoniae (10.5%), Staphylococcus aureus (10.3%), and Acinetobacter baumannii (7.2%). Most frequent resistance genes were KPC (27.9%), CTX-M (22.8%), and mecA/C-MREJ (13.2%). PCR showed high concordance with culture (positive agreement: 100%, negative agreement: 94%). After the pandemic onset, detection of resistance genes rose significantly: VIM (OR 5.12), IMP (OR 4.18), and mecA/C-MREJ (OR 2.9). PCR-guided diagnosis improved antibiotic appropriateness. KPC and mecA/C-MREJ were independently associated with increased mortality (OR 3.34 and 2.47, respectively). Key predictors of MDR included acute kidney injury, prior antibiotic use, and orotracheal intubation. Conclusion: Multiplex PCR demonstrated strong diagnostic concordance with culture and enabled earlier detection of MDR pathogens and resistance genes, especially in the post-pandemic context. Its integration into clinical practice may enhance antimicrobial stewardship and outcomes, while traditional microbiology remains an essential complementary tool. Keywords: multidrug-resistant pneumonia, multiplex PCR, BioFire FilmArray, antimicrobial resistance, COVID-19, Colombia, diagnostic concordance, empirical therapy

Palabras clave

Neumonía bacteriana, PCR-multiplex, Resistencia antimicrobiana, Post-COVID-19, Concordancia diagnóstica

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