Análisis genómico y evaluación de la susceptibilidad antimicrobiana en aislamientos de Porphyromonas gingivalis de Bogotá, Colombia

Abstract

Antecedentes: La creciente resistencia de Porphyromonas gingivalis a los antibióticos representa un desafío significativo. Aunque a nivel global se considera una especie con baja resistencia, investigaciones recientes en EE. UU. han detectado cepas resistentes a clindamicina, macrólidos y tetraciclinas, vinculadas a genes específicos en su genoma. En Colombia, los datos son escasos; sin embargo, estudios previos indican una resistencia creciente a amoxicilina, clindamicina y metronidazol, sin que se haya explorado la relación con el perfil genético de cepas locales. Objetivo: Caracterizar la resistencia antimicrobiana en aislamientos clínicos de P. gingivalis provenientes de pacientes con periodontitis. Materiales y Métodos: Se analizaron 10 aislamientos clínicos de P. gingivalis procedentes de una colección institucional (exentos de revisión ética). La sensibilidad a antibióticos se evaluó mediante dilución en agar, siguiendo los estándares del CLSI, utilizando Bacteroides fragilis ATCC 25285 como control. Los resultados fenotípicos (CMI₅₀ y CMI₉₀) se expresaron en frecuencias porcentuales. Posteriormente, se extrajo ADN genómico, se secuenció con tecnología Illumina y se evaluó su calidad mediante FastQC. El ensamblaje se realizó con SPAdes y la anotación con Prokka. Los genes de resistencia se identificaron utilizando las bases de datos CARD y ResFinder (umbral de identidad >90%). Resultados: Los aislamientos mostraron alta sensibilidad a la mayoría de los antibióticos: 100 % fueron sensibles a doxiciclina, tetraciclina, eritromicina, metronidazol y clindamicina (con valores bajos de CMI). Se observó un 10 % de resistencia a amoxicilina y a la combinación amoxicilina/ácido clavulánico, así como un 100 % de resistencia a gentamicina (CMI₅₀ y CMI₉₀ = 64 µg/mL). A nivel genómico, ResFinder no identificó genes de resistencia, mientras que CARD detectó el gen pgpB (asociado a resistencia a polimixinas) en el 100 % de las cepas. El gen H-NS se detectó en el 10 % de los aislamientos, coincidiendo con la única cepa resistente a amoxicilina/ácido clavulánico. Conclusiones: P. gingivalis presentó una elevada sensibilidad a los antimicrobianos evaluados, con excepción de una resistencia total a gentamicina y parcial (10 %) a amoxicilina y amoxicilina/ácido clavulánico. La correlación entre el gen H-NS y el fenotipo resistente resalta la necesidad de monitorear la resistencia antimicrobiana y establecer correlaciones genotipo-fenotipo en cepas locales, con el fin de optimizar las estrategias terapéuticas.