Introducción. Staphylococcus aureus resistente a la meticilina es uno de los agentes patógenos más frecuentes en las unidades de cuidados intensivos. Su presencia prolonga las hospitalizaciones y aumenta el riesgo de mortalidad en los pacientes con bacteriemia. Sin embargo, la etiología de este marcador de resistencia no ha sido completamente estudiada. Objetivo. Determinar los factores asociados con la aparición de S. aureus resistente a la meticilina causante de bacteriemia en pacientes atendidos en unidades de cuidados intensivos en Bogotá. Materiales y métodos. Se hizo un estudio retrospectivo de casos y controles emparejados, anidado en una cohorte de pacientes con diagnóstico de bacteriemia por S. aureus atendidos en unidades de cuidados intensivos de Bogotá entre 2006 y 2008. Los casos fueron pacientes con hemocultivo positivo para resistencia a la meticilina, emparejados 1 a 1 con controles con hemocultivos sensibles a la meticilina de la misma institución y año de hospitalización. Se analizaron mediante regresión logística condicional los factores de riesgo asociados con la presencia de resistencia, con énfasis en el tratamiento previo con antibióticos. Resultados. Se incluyeron 372 pacientes con bacteriemia por S. aureus. Factores como el uso de dispositivos previos a la hospitalización: vasculares (Odds ratio, OR=1,986; IC95% 1,038-3,801) y urinarios (OR=2,559; IC95% 1,170-5,596), así como el número de antibióticos administrado previamente, se asociaron con la aparición de resistencia. Se registró un efecto de gradiente con el número de antibióticos usados previamente, especialmente carbapenémicos. Conclusiones. El uso racional de antibióticos y la vigilancia de la exposición a procedimientos quirúrgicos o al uso de dispositivos invasivos, son intervenciones que podrían disminuir la aparición de S. aureus resistente a meticilina causante de bacteriemia.