Análisis de variantes polimórficas en el gen CDKN2A en muestra de pacientes con melanoma
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2020
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Resumen
El melanoma es el tipo de cáncer de piel más agresivo y tiene un mal pronóstico en estadios avanzados. Las tasas de incidencia y mortalidad han aumentado en los últimos años. Las variantes p.R24P, p.M53I, p.G101W, p.V126D y p.A148T en el gen CDKN2A (HGNC ID: 1787) han sido asociadas con el desarrollo de melanoma en diferentes poblaciones, sin embargo, la frecuencia de estas variantes y su asociación con el desarrollo de melanoma no ha sido estudiada en Colombia. Para esto, el objetivo de este estudio fue analizar las variantes del gen CDKN2A en la población colombiana. Para el desarrollo se usó la siguiente metodología, se invitaron a participar a sujetos con diagnóstico de melanoma y sujetos sanos mediante la aplicación del consentimiento informado (85 casos y 166 controles). Para esto, se tomaron muestras de sangre a los sujetos participantes, estos sujetos se genotipificaron mediante el ensayo HRM-qPCR y se detectaron variantes en los exones 1 y 2 del gen CDKN2A, estas variantes se confirmaron por medio de secuenciación por Sanger. Para los análisis estadísticos se utilizaron diferentes pruebas como la prueba de chi-cuadrado para comparar las distribuciones de alelos y genotipos entre casos y controles. Se calculó la razón de probabilidades (OR) con intervalo de confianza (IC) del 95% para determinar la asociación entre polimorfismos y haplotipos con la susceptibilidad al melanoma. Los análisis estadísticos y de haplotipos se realizaron utilizando Stata® y RStudio®. Resultados. Cincuenta y cuatro por ciento de las mujeres fueron identificadas tanto en casos como en controles. Las frecuencias de los subtipos de melanoma fueron 36,47% lentigo maligno, 24,71% lentiginoso acral, 23,53% extensión superficial y 15,29% nodular. Las variantes en el gen CDKN2A fueron 11,76% en casos y 8,43% en controles. El más frecuente fue p.A148T en el 5,88% de los casos y en el 4,82% de los controles. El haplotipo GGTTG mostró diferencias estadísticamente significativas entre casos y controles (valor de p = 0,04). Conclusión. Los polimorfismos de CDKN2A p.G101W, p.R24P, p.M53I y A148T no están asociados con la susceptibilidad al melanoma en la población colombiana; Se requieren más estudios sobre la interacción genética y los efectos aditivos entre más variantes.
Descripción
Abstract
Melanoma is the most aggressive type of skin cancer and has a poor prognosis in advanced stages. Incidence and mortality rates have increased in recent years. Variants p.R24P, p.M53I, p.G101W, p.V126D, and p.A148T in the CDKN2A gene (HGNC ID: 1787) have been associated with the development of melanoma in different populations, however, the frequency of these variants and their association with the development of melanoma has not been studied in Colombia. For this, the objective of this study was to analyze the variants of the CDKN2A gene in the Colombian population. For the development, the following methodology was used, subjects with a diagnosis of melanoma and healthy subjects were invited to participate through the application of informed consent (85 cases and 166 controls). For this, blood samples were taken from the participating subjects, these subjects were genotyped using the HRM-qPCR assay and variants were detected in exons 1 and 2 of the CDKN2A gene, these variants were confirmed by means of Sanger sequencing. For the statistical analyzes, different tests were used, such as the chi-square test to compare the allele and genotype distributions between cases and controls. The odds ratio (OR) with a 95% confidence interval (CI) was calculated to determine the association between polymorphisms and haplotypes with susceptibility to melanoma. Statistical and haplotype analyzes were performed using Stata® and R-Studio®. Results. Fifty-four percent of the women were identified in both cases and controls. The frequencies of the melanoma subtypes were 36.47% malignant lentigo, 24.71% acral lentiginous, 23.53% superficial extension, and 15.29% nodular. Variants in the CDKN2A gene were 11.76% in cases and 8.43% in controls. The most frequent was p.A148T in 5.88% of the cases and in 4.82% of the controls. The GGTTG haplotype showed statistically significant differences between cases and controls (p value = 0.04). Conclusion. The CDKN2A polymorphisms p.G101W, p.R24P, p.M53I and A148T are not associated with susceptibility to melanoma in the Colombian population; More studies are required on the genetic interaction and additive effects between more variants.
Palabras clave
Melanoma, CDKN2A, Gen, Polimorfismo, Población
Keywords
Melanoma, CDKN2A, Gene, Polymorphisms, Populations