Acercamiento a la estructura del microbioma foliar de una variedad comercial de Bactris gasipaes (chontaduro) de Bahía Málaga, Valle del Cauca, Colombia
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2021
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Resumen
La filosfera es un ecosistema capaz de albergar un microbioma compuesto de comunidades microbianas grandes y diversas, que ha despertado un gran interés debido a que este puede tener efectos profundos en el estado fitosanitario y rendimiento de las plantas; gracias al potencial que presentan principalmente las bacterias y hongos que allí se encuentran. Sin embargo, producto de diversos factores, el conocimiento que se tiene a la fecha sobre el microbioma de la filosfera de palmas amazónicas es limitado. Este es el caso de Bactris gasipaes (la palma del chontaduro), una palma de suma relevancia cultural, social y económica en Colombia, que ha experimentado una caída en su productividad derivada de aspectos fitosanitarios. El presente estudio proporciona la primera caracterización de las comunidades bacterianas del microbioma foliar de Bactris gasipaes y el aislamiento de hongos endófitos provenientes de hojas asintomáticas y sintomáticas (presencia de manchas foliares cloróticas). Por medio de la secuenciación del ARNr 16S con Nanopore, empleando el flujo de trabajo sugerido por ONT que utiliza EPI2ME, se determinó una baja diversidad bacteriana representada en un total de 28 filos bacterianos. El filo más abundante fue Cyanobacteria seguido por los filos Firmicutes y Proteobacteria, independientemente del sitio de muestreo y de la posición en la hoja. Se aislaron 48 morfotipos de hongos endófitos cultivables, de los cuales 5 fueron determinados hasta el nivel de género.
Descripción
Abstract
The phyllosphere is an ecosystem capable of harboring a microbiome made up of large and diverse microbial communities. The phyllosphere has recently been of great interest because it can have a profound effect on the phytosanitary status and performance of plants because of the potential presented mainly by the bacteria and fungi that can be found there. However, the present knowledge of the microbiome of the phyllosphere of Amazonian palms is limited. This is the case for Bactris gasipaes (peach palm), a palm of great cultural, social and economic relevance in Colombia, which has experienced a drop in its productivity due to phytosanitary reasons. The present study provides the first characterization of the bacterial communities of the Bactris gasipaes leaf microbiome and the isolation of endophytic fungi from asymptomatic and symptomatic leaves (presence of chlorotic leaf spots). By sequencing the 16S rRNA with Nanopore and using the workflow suggested by ONT using EPI2ME, a low bacterial diversity represented in a total of 28 bacterial phyla was determined. The most abundant phylum was Cyanobacteria followed by the phyla Firmicutes and Proteobacteria, regardless of the sampling site and the position on the leaf. 48 morphotypes of cultivable endophytic fungi were obtained, of which five were identified to the genus level.
Palabras clave
Microbioma, Filosfera, B. gasipaes, Hongos endófitos
Keywords
Microbiome, Phyllosphere, B. gasipaes, Fungal endophytes